钱公辅中进士后，任越州通判、集贤校理、开封府推官、户部判官、知明州。同修起居注，进知制诰。

　　英宗即位，钱公辅上书《治平十议》，主要内容是了解民情，考核官吏，任用官员等。又作《帝问》一篇奉上。

　　王畴任翰林学士时间不长，又升任枢密副使。钱公辅觉得王畴资历太浅，便不起草任命文书。英宗以刚登基任用大臣，而钱公辅竟然阻止为由，降钱公辅为滁州团练使。有人认为处罚太重，吕诲等人还上奏章求情，没有恩准。第二年，钱公辅又知广德军。

　　神宗继位（1068），钱公辅官拜天章阁待制、知邓州，复知制诰。入朝拜见皇帝时，神宗慰劳勉励了他。并让他抄写《十议》送上，命其知谏院。曾经到中书省言事，富弼对他说：“皇上思求天下大治已到了如饥似渴的程度，正依赖君等同心辅佐。”钱公辅说：“朝廷所做是对的，天下谁敢有不同意见！并不是我不去做，公辅愿跟随，只是没有机会罢了。”

　　王安石向来和钱公辅友好交往，得志以后，便排斥异己，让滕甫出知郓州。钱公辅几次在皇帝面前说滕甫不应该去。薛向变更盐法，王安石积极支持，而钱公辅却说薛向应当免职，

　　接连违背了王安石的用意，于是被罢免了谏院的职务，钱公辅随即出知江宁府。

　　第二年，皇帝想要把他召回，王安石说他帮助小人，总是提出不同意见，不宜在皇上左右，于是让他任扬州知州。钱公辅以病为由，请求改变任命，又改提举祟福观，不久身亡，年仅52岁。