圣历元年（698年），武则天封中岳（嵩山），见崔融所撰《启母庙碑》，深加赞美；封禅毕，又命崔融撰《朝觐碑》。遂由魏州司功参军擢授著作佐郎，转右史。

　　圣历二年，授著作郎，兼右史内供奉。圣历四年迁凤阁舍人。

　　久视元年（700年），惹怒宠臣张昌宗，贬为婺州（治今浙江金华）长史。不久，又召为春官郎中，知制诰。

　　长安二年（702年），再迁凤阁舍人。翌年，兼修国史。此时有司正议税关市，主张凡行人尽征之。崔融以扰民太甚、或致骚动为由，上疏反对，主张只税商贾，不税行人。武则天从其议。

　　长安四年，任司礼少卿，仍知制诰。张易之、张昌宗兄弟广招文学之士，崔融屈节佞附。张易之被诛后，崔融贬为袁州刺史。不久召拜国子司业，兼修国史。中宗神龙二年（706年），以预修《则天实录》功劳，封清河县子。