政治思想
　　黄宗羲多才博学，于经史百家及天文、算术、乐律以及释、道无不研究。尤其在史学上成就很大。清政府撰修《明史》，“史局大议必咨之”（《清史稿》480卷）。而在哲学和政治思想方面，更是一位从“民本”的立场来抨击君主专制制度者，真堪称是中国思想启蒙第一人。他的政治理想主要集中在《明夷待访录》一书中。
　　《明夷待访录》一书计十三篇。“明夷”本为《周易》中的一卦，其爻辞有曰：“明夷于飞垂其翼，君子于行三日不食。人攸往，主人有言。”为六十四卦中第三十六卦，卦象为“离下坤上”，即地在上，火在下。“明”即是太阳（离），“夷”是损伤之意。从卦象上看，太阳处“坤”即大地之下，是光明消失，黑暗来临的情况，意光明受到伤害。这暗含作者对当时黑暗社会的愤懑和指责，也是对太阳再度升起照临天下的希盼。指有智慧的人处在患难地位。“待访”是等待贤者来访，让此书成为后人之师的意思。另外，“明”就是太阳，亦称为“大明”，暗合“大明朝”；“夷”有“诛锄”之解，又有“视之不见”之解，暗含作者的亡国之痛。该书通过抨击“家天下”的专制君主制度，向世人传递了光芒四射的“民主”精神，这在当时黑暗无比社会环境下是极其难能可贵的！
　　《原君》是《明夷待访录》的首篇。黄宗羲在开篇就阐述人类设立君主的本来目的，他说设立君主的本来目的是为了“使天下受其利”、“使天下释其害”，也就是说，产生君主，是要君主负担起抑私利、兴公利的责任。对于君主，他的义务是首要的，权力是从属于义务之后为履行其义务服务的。君主只是天下的公仆而已，“古者以天下为主，君为客，凡君之毕世而经营者，为天下也”。然而，后来的君主却“以为天下利害之权益出于我，我以天下之利尽归于己，以天下之害尽归于人”，并且更“使天下之人不敢自私，不敢自利，以我之大私，为天下之大公”，“视天下为莫大之产业，传之子孙，受享无穷”（均见《原君》）。对君主“家天下”的行为从根本上否定了其合法性。
　　黄宗羲认为要限制君主的权力，首先得明辨君臣之间的关系。他认为：“原夫作君之意，所以治天下也。天下不能一人而治，则设官以治之。是官者，分身之君也。”从本质上来说：“臣之与君，名异而实同”，都是共同治理天下的人。因此，君主就不应该高高在上，处处独尊的地位。就应该尽自己应尽的责任，即为天下兴利除害。否则就该逊位让贤，而不应“鳃鳃然唯恐后之有天下者不出于其子孙”。至于为臣者，应该明确自己是君之师友，而不是其仆妾，“我之出而仕也，为天下，非为君也；为万民，非为一姓也。”如果认为臣是为君而设的，只“以君一身一姓起见”，“视天下人民为人君囊中之私物”，自己的职责只在于给君主当好看家狗，而置“斯民之水火”于不顾，那么，这样的人即使“能辅君而兴，从君而亡，其于臣道固未尝不背也”，但同样是不值得肯定的。因为“天下之治乱，不在一姓之兴亡，而在万民之忧乐。”这就是黄宗羲的君臣观。它对传统的“君为臣纲”，“君要臣死，臣不得不死”的封建纲常，无疑是一个有力的冲击。
　　黄宗羲提出的限制君权的另一主张就是设立宰相。他认为：“有明之无善政，自皇帝罢丞相始也。”这是因为：第一，“古者君之待臣也，臣拜，君必答拜”，彼此是平等的。“秦汉以后废而不讲。然丞相进，天子御座，在舆为下”，还多少保持着主客的关系。现在罢除了宰相，就再没有人能与天子匹敌了。这样，天子就更加高高在上，更加奴视臣僚，更加专断独行，为所欲为。第二，按照封建宗法制度的规定，天子传子，但“天子之子不皆贤”；在这种情况下，幸赖宰相传贤而不传子，“足相补救”。可是在罢除宰相之后，“天子之子一不贤，更无与为贤者矣”。这样，势必会给国家和人民带来无穷的灾难。第三，废除宰相后设立的内阁大学士，其职责只是备顾问以及根据皇帝的意旨批答章奏，内阁没有僚属，没有力事机构，其事权很轻，根本不能与昔日的宰相相提并论，内阁既无实权，而天子又不能或不愿处理政事，于是就依靠一群凶残的宫奴来进行统治，这就出现了明代为害至深且巨的宦官专权。
　　黄宗羲提出设宰相一人，参加政事若干人，每日与其他大臣一起，在便殿与天子共同议政。章奏由天子批答，“天子不能尽，则宰相批之，下六部施行。更不用呈之御前，转发阁中票拟”；阁中又缴之御前而后下该衙门如故事往返，使大权自宫奴出也。”此外，宰相设政事堂，下分若干房，分管天下庶务；“凡事无不得达”。设立宰相，是一种限制君权过分膨胀的有效措施。但它并不是责任内阁制。因为皇帝仍然大权在握，仍然是名符其实的国家元首。
　　使学校成为舆论、议政的场所，是黄宗羲限制君权的又一措施。黄宗羲认为，设立学校，不是为了养士，更不是为了科举，而是“必使治天下之具皆出于学校，而后设学校之意始备”。具体而言，就是一方面要形成良好的风尚，“使朝廷之上，闾阎之细，渐摩濡染，莫不有诗书宽之气”，另一方面，则形成强大的舆论力量设法左右政局。只有这样，才能使“盗贼奸邪，慑心于正气霜雪之下，君安而国可保也。”黄宗羲还指出，太学的祭酒，应择当世大儒充当，其地位应与宰相相等，每年的初一，天子与宰相、六卿、谏议等都得前往太学。”祭酒南面讲学，天子亦就弟子之列。政有缺失，祭酒直言无讳。郡县的学官，也由名儒主之。每月的初一、十五，大会一邑之缙绅、士子；郡县官亦须前往听学官讲学，而且执弟子之礼。黄宗羲的这一设想，虽然在当时是不可能实现的，然而却是难能可贵的。应该讲，后来康 有为、梁启超等人提出来的君主立宪方案，在黄宗羲这里已经有了最初的萌芽。
　　有学者认为黄宗羲的思想仍属治权在君，并没有到达近代民主思想的标准，也有学者认为黄宗羲的思想是近代民主思想，在民权理论上还超越了欧洲的卢梭。
　　黄宗羲反对单一的科举取士，主张使用多种渠道录取人才，以制度防止高官子弟凭借长辈权势在录取过程中以不正当的方式胜过平民。扩大了录取对象，包括小吏，会绝学（包括历算、乐律、测望、占候、火器、水利等等）的人，上书言事者等等。

天文历算
　　黄宗羲精通天文历算和数学。他用推算日食的方法和阎若璩等人考证古文《尚书》是系古人伪作，给当时思想界带来很大震动。黄宗羲通过对照《国语》，认为古文《尚书·汤诰》是后人“误袭周制以为《汤诰》”。并得结论“今因推日食于昭十七年六月”（鲁昭公十七年夏六月甲戌朔日），“可见《夏书》本文不同孔书、左氏而非伪也，则不能不致疑于古文矣”。西人Fred Espenak的数据表明黄宗羲的推算完全正确。
　　沈括于《梦溪笔谈·技艺》中说：“淮南人卫朴精于历术，一行之流也。《春秋》日蚀三十六，诸历通验，密者不过得二十六七，唯一行得二十九，朴乃得三十五，惟庄公十八年一蚀，今古算皆不入蚀法，疑前史误耳”。沈括之说，世后没人怀疑。黄宗羲作《春秋日食历》，对此观点进行进行了分析和修正。黄宗羲用西汉三统历推算出鲁庄公十八年二月是否有闰，并用授时历并参考西方历法，说明了比月频食是不可能发生的。黄宗羲发现《春秋》中记载的两次比月食都是“前食而后不食”，并论证了《春秋》中鲁襄公二十四年有关月食的记录是错误的，而鲁庄公十八年三月日食记录是可靠。
　　黄宗羲用历算的方法对武王伐纣的确切年代进行了探讨，写有《历代甲子考》。他重新推算了孔子的确切生辰日期，并论证了周正建子和周历改月。
　　黄宗羲参考西方天文学中本均轮的理论（托勒密的理论）考察了中国“日高于月”的说法。

数学地理
　　黄宗羲在有限性、无限性的观念认识上亦有所建树。他数学上纠正了朱熹《壶说书》中的相关错误。分析了明朝流行的算盘和《数术记遗》中记载的计算器的区别。他对乡射侯制进行了详细数学分析。黄宗羲亦对中国和西方数学进行了平行比较，但由于时代的局限性，他认为西方数学中的一些概念方法不过是对中国古代算术的窃取和修改。
　　黄宗羲详细刊校了《水经注》，批驳了“分野说”

文学历史
　　黄宗羲主张文学应当反映现实社会，表达作者的真情实感，这具有现实主义的特点。不满明代文学的刻意摹拟，摘抄剽窃之风。黄宗羲详细注解了蔡元定乐律学，纠正了朱熹注《孟子》中的相关乐律错误。
　　作为浙江史学的开创者，黄宗羲主要在三个方面对浙东史学作出了自己的贡献。经世致用是儒家的一个根本看法。做为一个儒者，黄宗羲无论是研究经学，还是史学，都主张一个“经世致用”。在他看来，史书所载绝非仅是史料一堆，而是蕴含着“经世之业”的阐述，“夫二十一史所载，凡经世之业，无不备矣”（《补历代史表序》）。所以，研究历史既是为了总结历史发展的经验，更是为现实社会发展提供理论依据和历史借鉴。基于这种治学目的，黄宗羲在史学研究上主张“寓褒贬于史”，他认为史必须扬善惩恶。如果善恶不分，忠奸不辩，甚至颠倒是非，混淆黑白，“为史而使乱臣贼子得志于天下，其不如无史之为愈也”（《留书》）。史书的作用之一，即必得发挥其特有的扬善惩恶功能 。
　　黄宗羲对明史的研究就其著述成果而言，可以分为两部分：一是所撰的《弘光实录钞》四卷、《行朝录》三卷；二是搜集史料选编的、卷帙浩繁的《明史案》二百四十二卷，《明文案》二百 十七卷，及增益《明文案》而成的四百八十卷的《明文海》。 在明史的研究中，黄宗羲形成了他的史学研究方法论。主要有三个方面：首先，黄宗羲十分注重史料的搜集。而且，他的史料概念十分宽阔，不仅包括历史人物、事件、典章法令等，也包括建置沿革、山川变异，甚至是乡邦文献所记的亭台楼阁也作为史料予以考证、保存。其次，黄宗羲在史学研究中还十分注重真实性。对所得史料总要广证博考、去伪存真，才加引用，并力求客观地作出合乎历史真实面目的论述。即使对自己昔日积累的史料，也决不轻率运用，同样要予以核实，以确保其无误。再者，黄宗羲十分注重史学主体即史学家在治史中的作用。表现为这样几个方面：一是要求史学主体通过自己的思维运作确保史学研究的客观性，以真实地揭示历史的本来面目；二是史学主体在史学研究中应当有自己的是非观，不仅要“寓褒贬于史”，还得对历史事件作出中肯的评价；三是要求史学主体以饱含自身情感的笔写出历史的过程。
　　黄宗羲的《明儒学案》是具有划时代意义的哲学史专著。它开创了我国编写学术思想史的先河，标志着我为学术史体裁的主要形式———学案体臻于完善和成熟。全书共立案十九个六十二卷，计叙述学者二百余人。从所列的人物看，除刘基、李贽、何心隐外，《明儒学案》基本上把所有明代重要思想家都包罗进去了；从学派上看，既叙述了以王阳明为代表的心学各派，又叙述了以吴与弼、胡居仁、娄谅为代表的程朱理学各派；从哲学性质看，既叙述了吴与弼、王阳明等唯心主义思想家，也叙述了罗钦顺、王廷相等唯物主义思想家。是中国第一部系统的内容丰富的哲学史专著。

经济改革
　　黄宗羲对经济的观点由现代学者秦晖总结，历史上的税费改革不止一次，但每次税费改革后，由于当时社会政治环境的局限性，农民负担在下降一段时间后又涨到一个比改革前更高的水平。明清思想家黄宗羲称之为“积累莫返之害”，称为“黄宗羲定律”。温家宝总理在记者招待会上曾提到这一定律。
　　黄宗羲反对日益苛重的赋税征收。他说“吾见天下之田赋日增，而后之为民者日困于前，”指出江南的田赋特重，有些田亩将一年的产量“尽输于官，然且不足。”他分析了使人民苦于“暴税”的三害“有积累莫返之害”，指税制每经过一次改革，都导致赋税的进一步加重；“所税非所出之害”，指田赋征银，银非农业生产之所出，纳税者因折银而加重负担；“田土无等第之害”，指不分土地的肥瘠程度按一个标准征税，造成负担不均。黄宗羲提出的赋税主张是，第一，“重定天下之赋”，定税的标准应“以下下为则”；第二，征收田赋“必任土所宣，出百谷者赋百谷，出桑麻者赋布帛，以至杂物皆赋其所出”，生产什么缴纳什么，不强求一致；第三，重新丈量土地，按土质优劣计算亩积，分别以240、360、480、600和720步作为五亩，即把土地分为五等，据等征税，消除因土地质量不同而带来的赋税负担不均的问题。
　　黄宗羲认为，要使民富，还必须“崇本抑末”。所谓“崇本”，即“使小民吉凶，一循于礼；所谓“抑末”，即凡为佛、为巫、为优倡以及夺技淫巧等不切于民用而货者，应“一概痛绝之”。他说：“世儒不察，以工商为末，妄议抑之。夫工固圣王之欲来，商又使其愿出于途者，盖皆本也”。“工商皆本”的思想是对传统的“重本抑末”的大胆否定。

哲学观点
　　哲学上反对宋学中“理在气先”的理论，认为“理”并不是客观存在的物质实体，而是“气”的运动规律，认为“气质人心是浑然流行之体，公共之物也”。具有唯物论的特色。“盈天地皆心也”的观点又有唯心论的倾向。这与黄宗羲服役阳明学，深受其影响有关。黄认为王学中“致良知”的“致”，就是“行”，两者别无二致。

教学育人
　　黄宗羲并在理论上和实践上是一位杰出的教育家。黄宗羲在他的名著《明夷待访录》中专门列出《学校》一章。他认为学校中也要析讲时事时政，要明是非之理，也要对政府行为有所监督。认为学校的领导（“学官”）需要有较大的权力。学校也应广开言路，成为舆论场所。这种学校议政，参与是非判断，言论倡民主的观点在当时非常新颖。黄宗羲并认为“学贵履践，经世致用”，这种理论实践并重的教育学习观点与他深受阳明学中“知行合一，知行并进”密不可分。黄宗羲在今浙江宁波、绍兴等地办学讲学，培养了很多学生。著名弟子有万斯同、万斯大、全祖望、章学诚、邵晋涵、仇兆鳌等。

赋税思想
　　黄宗羲反对日益苛重的赋税征收。他说“吾见天下之田赋日增，而后之为民者日困于前，”指出江南的田赋特重，有些田亩将一年的产量“尽输于官，然且不足。”他分析了使人民苦于“暴税”的三害“有积累莫返之害”，指税制每经过一次改革，都导致赋税的进一步加重；“所税非所出之害”，指田赋征银，银非农业生产之所出，纳税者因折银而加重负担；“田土无等第之害”，指不分土地的肥瘠程度按一个标准征税，造成负担不均。黄宗羲提出的赋税主张是，第一，“重定天下之赋”，定税的标准应“以下下为则”；第二，征收田赋“必任土所宣，出百谷者赋百谷，出桑麻者赋布帛，以至杂物皆赋其所出”，生产什么缴纳什么，不强求一致；第三，重新丈量土地，按土质优劣计算亩积，分别以240、360、480、600和720步作为五亩，即把土地分为五等，据等征税，消除因土地质量不同而带来的赋税负担不均的问题。