希运的禅学思想主要是继承马祖道一“即心即佛”的思想，而力倡“心即是佛”。他说：诸佛与众生，唯是一心，更无别法。此心无始已来，不曾生，不曾灭，不青不黄，无形无相。不属有无，不计新旧，非长非短，非大非小，超过一切限量、名言、踪迹、对待。当体便是，动念即差。犹如虚空，无有边际，不可测度。惟此一心即是佛，佛与众生更无差异。
自惠能起，“即心即佛”说便为天下学禅者普遍接受，成为人所共知的事实。从达摩来东土传法，即倡导要直指人心，见性成佛，将心等同于佛，这是禅宗的一贯主张。希运说：“达摩大师到中国，唯说一心，唯传一法，以佛传佛，不说余佛，以法传法，不说余法。”但许多学禅者，舍本逐末，妄求佛法，希运批评说：“如今学道人，不悟此心体，便于心上生心，向外求佛。”众生着相外求，“求之转失，使佛觅佛，将心捉心，穷劫尽形，终不可得。不知息念忘虑，佛自现前，此心即是佛，佛即是众生。为众生时，此心不灭，为诸佛时，此心不添，乃至六度万行，河沙功德，本自具足，不假修添，遇缘即施，缘息即寂。”即心是佛，心外无佛。希运极力反对“向外求佛”，力戒对佛法的见闻知解，他说：“古人心利，才闻一言，便乃绝学，所以唤作绝学无为道人。今时人只欲得多知多解，广求文义，唤作修行，不知多知多解，翻成雍塞。”追求知解，不仅不能悟彻佛法，反而成为悟道之障缘。因为“此本源清净心，常自明遍照。世人不悟，只认见闻觉知为心。为见闻觉知所覆，所以不睹精明本体。”如此，则导致“求知见者如毛，悟道者如角。”希运认为，求知解是使人与道相隔绝的主要原因，所谓“只怕一念有，即与道隔矣。”世人妄以世智辩聪来知解佛理，不曾想，佛之真谛恰恰被淹没于知解见闻之中。所以希运说：“我此禅宗，从上相承以来，不曾教人求知求解。”即使有时教人“学道”，也只是一种“接引之词”。道不属修，佛不可觅，情存学解，便成迷道。希运继承道一、怀海之说，视一切语言文字、分辨知解为障道之缘，“所以佛出世来，热除粪器，蠲除戏论之粪，只教你除却从来学心见心。”并告诫随其学法的裴休说：“若形纸墨，何有吾宗！”
既然“即心是佛”，那么应如何来体认这颗心？如何来见道呢？希运提出了“无心是道”的主张，他认为“即心是佛，无心是道。但无生心动念、有无长短、彼我能所等心，心本是佛，佛本是心。”心体净明，犹如虚空，具足一切功德，不假修添，所以，“举心动念，即乖法体”，在此意义上，马祖道一从否定的角度提出了“非心非佛”说，而希运在这里则以“无心”来取代。道一在否定之后提出了“平常心是道”说，而希运则不再另立“平常心”，直接指出“无心是道”，这就指出了修行实践中的途径和方法。希运说：“但直下无心，本体自现，如大日轮升于虚空，遍照十方更无障碍。”希运以“无心”为纲要，反复强调“无念”、“无求”，以证佛果，这又回归于《坛经》提倡的“以无念为宗”的法门。“万法唯心，心亦不可得”，因此，不可将心更求于心。若以心求心，以佛求佛，无异于头上安头，角上安角，所以希运认为“不如当下无心，便是本法，”“唯直下顿了自心本来是佛，无一法可得，无一行可修，此是无上道，此是真如佛”。无心可用，无道可修，学道者“但能无心，便是究竟。学道人若不直下无心，累劫修行终不成道，被三乘功行拘系，不得解脱。”希运认为，悟道无须通过外在的修习工夫，而只是人与道之间的“默契”。他说：“学道人直下无心，默契而已。”这便是无为法门，能悟得此法门者，被称为“无心道人”、“无为道人”。希运十分推崇达到这一境界的“自在人”，他说：
供养十方诸佛，不如供养一个无心道人。何故？无心者，无一切心也。如如之体，内如木石，不动不摇，外如虚空，不塞不碍。
希运特别强调在实际生活中“无心”的运用，他说“终日吃饭，未曾咬着一粒米；终日行，未曾踏着一片地。与么时，无人我等相，终日不离一切事，不被诸境惑，方名自在人。”认为只要在一切时中行住坐卧，但学无心，不起分别，不着一相一物，亦无依倚，亦无住着，方名解脱。他说：“学道人，若欲得成佛，一切佛法总不用学。唯学无求无着，无求即心不生，无着即心不灭，不生不灭即是佛。”
希运将“即心是佛”与“无心是道”结合起来构成其完整的禅学思想，这一思想直接贯彻了早期禅学《楞伽经》中的如来藏思想，即认为佛性“人皆有之，蠢动含灵与诸佛菩萨，一体不异。”圆满具足，更无所欠，大道平等，含生同一真性，但要识此本性，还须直下无心。如来藏思想与无心学说的结合，便是希运的“空如来藏”说。他说：“从前所有一切解处，尽须并却令空，更无分别，即是空如来藏。”“道场者，只是不起诸见，悟法本空，唤作空如来藏。”希运这一“空如来藏”说的提出，不仅使他的禅不致落于虚空，而保持自然直下任用的风格，而且也避免堕入“断灭空”的境地。他主张“心境双忘”，而以“忘心”为根本。“忘境犹易，忘心至难”，而“愚人除事不除心，智者除心不除事”。这是希运“空如来藏”的核心内容。在这一思想中，希运特别发挥了“灵性不灭”和“本无所有”的观念。他曾指导凡人临终前的观法：但观五蕴皆空，四大无我，真心无相，不去不来。生时性亦不来，死时性亦不去，湛然圆寂，心境一如，但能如是直下顿了，不为三世所拘系，便是出世人也。
心之本体，觉性灵明，是永恒的本真，其余四大、五蕴、三界六道，皆为其起心动念之产物，故虚幻不实。正是在强调空无一切的情况下，希运讲了只有在惠昕以后的《坛经》中才出现的一些言论。如惠能在大庾岭上对追赶他的惠明说：“不思善，不思恶，正当与么时，还我明上座父母未生时面目来！”惠明于言下顿悟，礼拜云：“如人饮水，冷暖自知。”又如将惠能之得法偈记为“本来无一物，何处有尘埃？”这都表明希运禅学思想的创新和发展，并未一味地简单承袭道一、怀海的禅法。《宛陵录》中记载了希运关于禅的意境的描述：语默动静，一切声色尽是佛事，何处觅佛？不可更头上安头，嘴上加嘴。但莫生异也。山是山，水是水，僧是僧，俗是俗；山河大地，日月星辰，总不出汝心。三千世界，都是汝自己，何处有许多般。心外无法，满目青山，虚空世界，皎皎地无丝发许与汝作见解。一切声色尽是佛事，若学道者不即不离，不住不着，纵横自在，那么，行住坐卧，语默动静，皆为道场。
