嘉靖三十三年倭寇作乱,归有光入城筹守御,作《御倭议》。嘉靖四十四年(1565)他60岁始成进士,授湖州长兴县(今浙江长兴县)知县。他重视教化,治政廉明。每逢处理诉讼事宜,务明事实真相。当时长兴县内盗贼极多,官府乱抓一批无辜者,他用计擒获盗首,使狱中蒙冤受屈者30多人获释。因得罪豪门与上司,调任顺德(河北邢台)通判,专门管辖马政。由大学士高拱、赵贞吉推荐,于隆庆四年(1570)为南京太仆寺丞,留掌内阁制敕,修《世宗实录》,隆庆五年正月十三(即公元1571年2月7日)卒于南京,年六十六岁。 葬于昆山城东南门内金潼里(今邮电局附近)。今昆山归有光墓,为旅游景点一。
富藏书。其父在成化初,已筑书室百楹于安亭江上,名为“世美堂”。他又多方寻找采购。夫人王氏,亦极喜藏书,听说有零册散编,则令女仆访求,置书达数千卷。声称平生无它嗜,独好书籍,以冶性情。藏书印有“世美堂印”、“世美堂琅玡王氏珍玩”、“一往情深”、“魏国文正公二十二代女”等。编辑有《诸子汇函》,上自周代的鬻熊《鬻子》,下自当代的宋濂《龙门子》,共94家著作,是明末以前收录子部书最多的一部丛书。