中央集权，归于尚书
光武以优待功臣贵戚为名，赐以爵位田宅，高官厚禄，而摘除其军政大权。光武鉴于西汉前期三公权重，权柄下移，虽设三公之位，而把一切行政大权归之于设在中朝由皇帝直接指挥的尚书台。尚书台设尚书令一人，秩千石，尚书仆射一人，六曹尚书各一人，秩皆为六百石，分掌各项政务。以下设有丞、郎、令史等官，所有一切政令都由尚书台直接禀陈皇帝，由皇帝裁决。从此，“天下事皆上尚书，与人主参决，乃下三（公）府”；“虽置三公，事归台阁”，“三公之职，备员而已”。但是到了东汉后期，有权势的大臣多加“录尚书事”的职衔，从而权柄再度下移，尚书台又蜕变为权臣专政的工具。
简化机构，裁减冗员
建武六年（公元30年），刘秀下诏令司隶州牧各实所部，省减吏员，县国不足置长吏可合并者，上大司徒、大司空二府。于是“条奏并有四百余县，吏职省减，十置其一”。同时，废除西汉时的地方兵制，撤销内地各郡的地方兵，裁撤郡都尉之职，也取消了郡内每年征兵训练时的都试，地方防务改由招募而来的职业军队担任。但是，到了东汉后期，州牧刺史逐渐权重，兼有军政财大权，地方兵力又逐渐兴起。
经济
释放奴婢、刑徒
自西汉后期以来，农民之沦为奴婢、刑徒者日益增多，成为西汉末年阶级矛盾日益尖锐化中的一个重要问题。王莽末年，不少的奴婢、刑徒参加起义；同时在一些割据势力的军队中也有不少的奴婢、刑徒。光武在重建刘汉封建政权中，为了瓦解敌军、壮大自己的力量，也为了安定社会秩序、缓和阶级矛盾，曾多次下诏释放奴婢，并规定凡虐待杀伤奴婢者皆处罪。另外，还规定不许任意杀伤奴婢以及废除“奴婢射伤人弃市律”，说明奴婢的身份地位较之过去有所提高。同时，在省减刑罚的诏令中，还多次宣布释放刑徒，即“见徒免为庶民”。
整顿吏治，提倡节俭
光武鉴于西汉后期吏治败坏、官僚奢侈腐化的积弊，即位以后，注意整顿吏治，躬行节俭，奖励廉洁，选拔贤能以为地方官吏；并对地方官吏严格要求，赏罚从严。因而经过整顿之后，官场风气为之一变。故《后汉书·循吏传》有“内外匪懈，百姓宽息”之誉。
薄赋敛，省刑法，偃武修文，不尚边功，与民休戚
东汉初年，针对战乱之后，生产凋敝，人口锐减的情况，光武注意实行与民休养生息政策，而首先是薄赋敛。建武六年（公元30年），下诏恢复西汉前期三十税一的赋制。其次是省刑法。再其次是偃武修文，不尚边功。光武“知天下疲耗，思乐息肩，自陇蜀平后，未尝复言军旅”。建武二十一年（公元45年），西域鄯善、东师等十六国“皆遣子入侍奉献，愿请都护。帝以中国初定，未遑外事，乃还其侍子，厚加赏赐”。建武二十七年（公元51年），功臣朗陵侯臧宫、扬虚侯马武上书：请乘匈奴分裂、北匈奴衰弱之际发兵击灭之，立“万世刻石之功”。光武下诏说：“今国无善政，灾变不息，人不自保，而复欲远事边外乎！不如息民。”
欲抑制豪强势力，实行度田政策
东汉政权本是在豪强势力支持下建立起来的。但豪强势力的发展，土地兼并的逐渐严重，既威胁皇权，也影响百姓生活，以及为了加强朝廷对全国垦田和劳动人手的控制，平均赋税徭役负担，于建武十五年（公元39年）下诏令各郡县丈量土地，核实户口，作为纠正垦田、人口和赋税的根据，又命考察二千石长吏阿枉不平者。诏下之后，遇到豪强势力的抵制。光武下令将度田不实的河南尹张伋及其他诸郡太守十余人处死，表示要严厉追查下去。结果引起各地豪强大姓的反抗，“青、徐、幽、冀四州尤甚”，“郡国大姓及兵长群盗，处处并起”，予东汉王朝以极大威胁。面对两种不同性质的反抗，光武帝采取镇压与安抚并用的手段，一方面“遣使者下郡国，听群盗自相纠拖，五人共斩一人者，除其罪”很快，贼便解散了，另一方面，把捕到的作乱首领人物迁往他郡，“赋田授廪”，切断他们与原所在郡的联系，给了豪强地主严重的打击。经过度田事件后，郡国大姓的抗衡平静下来，出现了“牛马放牧，邑门不闭”的大好局面。度田在形式上也成为东汉朝廷的定制。因各项政策措施，都不同程度地实行，为恢复发展社会生产创造了有利的条件，使得垦田、人口都有大幅度的增加，从而为东汉前期八十年间国家强盛的“明章之治”奠定了物质基础。
文化
建国后，在洛阳修建太学，设立五经博士，恢复西汉时期的十四博士之学。还常到太学巡视和学生交谈。在他的提倡下，许多郡县都兴办学校，民间也出现很多私学。
光武继承了西汉时期独尊儒术的传统，东汉建立后，即兴建太学，设置博士，各以家法传授诸经。光武巡幸鲁地时，曾遣大司空祭祀孔子，后来又封孔子后裔孔志为褒成侯，用以表示尊孔崇儒。特别是对儒家今文学派制造的谶纬迷信更是崇拜备至。同时，光武鉴于西汉末年一些官僚、名士醉心利禄，依附王莽，乃表彰气节，对于王莽代汉时期隐居不仕的官僚、名士加以表彰、礼聘，表扬他们忠于汉室、不仕二姓的“高风亮节”。
