李时珍于1593年逝世，享年75岁（虚岁为76岁）；李时珍逝世后遗体被安葬在湖北省蕲春县蕲州镇竹林湖村。到今天为止，蕲州一带的中医每年清明都要到墓地朝拜，许多人常把坟头的青草带回家以消灾灭病。新中国成立后，为纪念对人类作出伟大贡献的这位科学巨人，1954年，将其坟墓列为全国重点保护单位，蕲春县人民政府对墓地进行了修缮，碑前青石上刻有著名人物画家蒋兆和所画的李时珍像，墓前另立石碑，上刻原中国科学院院长郭沫若先生的题词。

　　1978年，湖北省文化局重修李时珍墓，并初具陵园规模。

　　1980年，在陵园内正式建立了国家重点文物保护机构——李时珍纪念馆。整个纪念馆占地面积50000平方米，由本草碑廊、纪念展览、药物馆、百草药园、墓园五大部分组成。纪念馆仿古大门上镶嵌着邓小平同志于1987年7月8日亲笔题写的馆名。纪念馆的展品主要有历史文物、文献、药物标本、图表、照片、画像、雕塑等1000余件，形象系统地介绍了李时珍的生平和《本草纲目》的伟大成就。藏品中有诸多古籍善本，尤以《本草纲目》自明清以来的各种版本弥足珍贵。建馆20多年来，纪念馆已累计接待中外宾客300多万人次，在国内外产生了重要的政治和文化影响。

　　李时珍的著作《本草纲目》对自然科学和社会科学各学科的巨大贡献和伟大成就，奠定了他在中西医学史和科学文化史上的地位，李时珍也受到人们的爱戴和怀念。1983年，李时珍的塑像在湖南长沙落成，系由恢复高考后湖南医学院（湘雅医学院）的首届毕业生捐给母校，塑像由中国著名雕塑家朱惟精亲自创作设计，湘雅医学院老校长、中国著名医学科学家张孝骞亲笔题词：“精研医学，勤学先贤，为民服务，又红又专”。湖南塑像位于中南大学公共卫生学院大院内，毗邻美丽的湘雅医学院近代建筑群。