端拱元年（988年）召试，擢右拾遗并直史馆。他旋即进谏，以《端拱箴》来批评皇宫的奢侈生活。后拜左司谏、知制诰。
淳化二年（991年），庐州尼姑道安诬告著名文字学家徐铉。当时禹偁任大理评事，执法为徐铉雪诬，又抗疏论道安诬告之罪，触怒太宗，被贬为商州（今陕西商县）团练副使。
淳化四年（993年）移官解州（今属山西）。同年秋召回京城，不久又外放，随即召回。任礼部员外郎，再知制诰。太宗至道元年（995年），任翰林学士，后以谤讪朝廷的罪名，以工部郎中贬知滁州（今安徽滁州），次年改知扬州。
宋真宗即位（997年），再召入都，复知制诰，上书提出“谨边防”，“减冗兵，并冗吏”等事。与撰修《太祖实录》，因直书史事，引起宰相的不满，又遭谗谤，于咸平二年（999年）再次被贬出京城，至黄州（今湖北黄冈）。
咸平四年（1001年）冬改知蕲州（今湖北蕲春），未逾月而卒，年四十八。
《宋史》与《东都事略》都有其传。
苏轼所撰《王元之画像赞并序》，称他以“以雄风直道独立当世”，“耿然如秋霜夏日，不可狎玩”。
欧阳修十分仰慕王禹偁，在滁州时瞻仰其画像，又作《书王元之画像侧》。
王禹偁自编《小畜集》30卷，集名出自《易经》：“小畜之象曰‘风行天上，小畜’。君子以懿文德”。今有《四部丛刊》本，另有其曾孙王汾裒辑《小畜外集》13卷，以及清光绪年间的孙星华刻本。近人徐规所著的《王禹偁事迹著作编年》，收集佚诗佚文多篇。
