范晔《后汉书》将三人立为合传，后世学者更誉之为汉世三杰。三家中，王充的年辈最长，著作最早，在许多观点上，王充对后二家的影响是十分明显的，王充是三家中最杰出，也最有影响的思想家。
但是由于王充在书中对传统的儒学，特别是汉代经学，进行了论难，有时甚至怀疑古经，上问孔孟，著有《儒增》《书虚》《问孔》《刺孟》等专篇，公然向神圣的经典挑战，向孔孟圣贤发难，这就有犯天下之大不韪，因而被视为名教之罪人。清乾隆皇帝御批：王充“刺孟而问孔”，“已有非圣无法之诛！”其他学人虽然不能治其“非圣无法”之罪，但也多挥毫濡翰，口诛笔伐。素以危言危行著称的大史学家刘知几，因《论衡》书中记载了王充父祖横行乡里的不光彩行径，不合乎子为父隐的纲常名教，说王充“实三千之罪人”！章学诚亦对王充非难儒学的作法，对他的儒家身份提出了质疑。
自《隋书·经籍志》以下，历代目录书都将王充《论衡》列入无所宗师的“杂家”类。近代经学大师刘师培又说王充是“南方墨者之支派”。进入20世纪70年代后，在中国学坛上又曾有人说王充是儒家的反对派，是反孔的急先锋……凡此等等，不一而足。自然我们今天不必为这些带有浓厚政治偏见的褒贬，去为古人的恩恩怨怨纠缠不休，但是，从学术的角度看，我们认为不能仅凭“问孔、刺孟、非儒”这些表面现象就断定他的学术派别，而应视其所问、所刺、所非的具体内容。根据王充的整体思想来分析定性，笔者认为：综观王充的一生言行，他不仅是一位儒者，而且是一位博学的奇儒。
梁启超在《中国近三百年学术史》中称：“王充《论衡》实汉代批评哲学第一奇书。”黄侃在《汉唐玄学论》一文中说：“东汉作者，断推王充。《论衡》之作，取鬼神、阴阳及凡虚言、谰语，摧毁无余。自西京而降，至此时而有此作，正如久行荆棘，忽得康衢，欢忭宁有量耶”（《黄侃论学杂著》）？由此可见王充与《论衡》在近现代学者心目中的地位。
近年笔者有《论衡词典》编撰之役，在选择底本、搜集资料中发现：第一，近现代学者眼中如此重要之书，在整个有清一代，竟无像样的版本。第二，校注成果寥寥，竟无有一部完整的校注本。中国历史上流传下来的经、史、子、集有代表性的重要著作，大都经过了清代学者的校注整理，不少重要典籍甚至有多个校注本问世，《论衡》一书却几乎无人问津，没有一部新的校注本出现。笔者心中遂生一疑团：清代学者心目中的王充与《论衡》和今人一样吗？如果一样，那么他们为何对《论衡》如此冷漠，既不刊刻又不整理？是偶尔疏忽还是另有原因？
原来，清代学者心目中的王充与《论衡》，和现代学者大不相同。在清代学者眼里，王充实在是一个不孝之人。
王充的不孝，首先表现在自述父祖的劣迹。王充介绍自己的家世时说：“世祖勇任气，卒咸不揆于人。岁凶，横道伤杀，怨仇众多。会世扰乱，恐为怨仇所擒，祖父泛举家担载，就安会稽，留钱唐县，以贾贩为事。生子二人，长曰蒙，少曰诵。诵即充父。祖世任气，至蒙、诵滋甚，故蒙、诵在钱唐，勇势凌人。末复与豪家丁伯等结怨，故举家徙处上虞。”通过王充的记述，我们可以看出，王充的祖上，连续数辈，横行乡里，仗势欺人，时常犯有命案，结怨甚多，因担心仇家报复，不得不数度迁徙，可谓是违法乱纪的恶霸。以我们今人的眼光看来，王充的作法可以说是不避家丑、实事求是。但在“臣为君讳、子为父讳”的封建社会里，被视为是一种不孝之举，便不足为奇了。清代著名学者钱大昕在《潜研堂文集·跋〈论衡〉》中批评王充的罪过之一，便是“《自纪》之作，訾毁先人。”其实早在唐代，史学家刘知己在《史通·序传》中就已指出：“王充《论衡》之《自纪》也，述其父祖不肖，为州闾所鄙……夫自叙而言家世，固当以扬名显亲为主，苟无其人，阙之可也。”王充之所以毫不忌讳地言其父祖的劣迹并不奇怪，因为从王充的思想深处来看，孝的意识十分淡薄。人们之所以会形成孝的观念，主要是出于对父母生育之恩的感激。在王充看来，父母生儿育女，完全是性欲冲动的结果。他在《论衡·物势篇》中说：“夫天地合气，人偶自生也，犹夫妇合气，子则自生也。夫妇合气，非当时欲得子，情欲动而合，合而生子矣。”王充所言虽然有一定道理，但把父母生子完全看作是为了满足性欲的要求而非有意识的行为，便很难产生出孝的观念，因而其有诋毁父祖的言论，也就不难理解了。
王充的不孝，最被人所诟病者在于扬己抑祖。他在《自纪篇》中一方面贬毁祖辈，另一方面极力标榜自己，说自己自小便与众不同，仁义听话，恭敬有礼，“父未尝笞，母未尝非，闾里未尝让，”喜欢学习，成绩突出。成年之后，更是品德高尚，淡薄名利，“常言人长，希言人短”，“得官不欣，失位不恨。处逸乐而欲不放，居贫苦而志不倦。”“为人清重，”“性恬澹，不贪富贵”，简直完美无瑕，无可挑剔，与其劣迹斑斑的祖上，形成了鲜明对比。尽管如此，王充卑微的出身，祖上不光彩的形象，始终是他一块难以消除的心病。于是他便从历史上寻找证据，来说明父祖不好，并不影响后人成才，以此洗刷自己。他《自纪篇》中说：“母骊犊騂，无害牺牲；祖浊裔清，不％奇人。鲧恶禹圣，叟顽舜神；颜路庸固，回杰超伦；孔、墨祖愚，丘、翟圣贤。”清代著名学者惠栋，在“母骊犊騂，无害牺牲；祖浊裔清，不％奇人”之后加批语云：“自誉而毁其先，非人也”（王欣夫《蛾术轩箧存善本书录》）。钱大昕《十驾斋养新录》卷六“王充”条针对这段文字说：“盖自居于圣贤而訾毁其亲，可谓有文无行，名教之罪人也。”《四库全书总目》亦云：“至于述其祖父顽很，以自表所长，傎亦甚焉。”可见，无论是官方，还是清代学者个人，都认为王充是一个毁祖誉己的小人和破坏名教的千古罪人。在“天下之事孝为上”、孝“为万事之纲纪”的观念占统治地位的封建社会里，谁愿意整理、刻印一个不孝之子的著作呢？知道了这一点，清代学者不刊刻、不校注《论衡》，便很容易理解了。
