由于经历了明王朝灭亡(1644年),使得沈自晋的作品风格前后有所不同:前期多是投赠祝寿、咏物赏花、男女风情等闲适的作品,清丽典雅,明亡以后,他在散曲里反复写自己的故国之思,家园之念,发抒兴亡离乱的悲痛感伤,雄劲悲凉,风格为之大变。现存传奇作品有《翠屏山》、《望湖亭》,《奢英会》(仅存收录在《南词新谱》中的五支佚曲)。另又《广辑词隐先生南九宫十三调词谱》(简称《南词新谱》),对研究南曲腔格和搜辑晚明戏曲作家,尤其是吴江沈氏家族资料,很有用处。
沈自晋的散曲集有《黍离续奏》、《越溪新咏》、《不殊堂近草》,合称《鞠通乐府》,多写明末清初江南一带的离乱情景;沈自晋的散曲作品还有散存于冯梦龙编的《太霞新奏》中的七套套曲、七支单曲以及散存于《南词新谱》的十三支单曲。诗作存二十二首,清代乾隆五年辑《吴江沈氏诗集录》存三首,《南词新谱凡例续纪》中有《和子犹辞世原韵》七律二首,《鞠通乐府》内插附《自题小像》等十七首。