周亮工“时时与世抵牾”，他对自己的一生是不满意的，别人对他则褒贬不一。“康熙三十有五年（1696，周死后二十五年），闽八郡士大夫诣当事诸有司，请崇祀故户部右侍郎栎园周公于郡学宫之名宦祠。”结果获准。（福建通志）为周立传，列于名宦传卷二十八，而（清史列传）则将周亮工列入贰臣传，理由是“本朝顺治二年（1645）豫亲王多铎兵下江南，亮工诣军门降。
周亮工的一生是复杂的，把他寓闽的十二年搞清楚，对于了解他的生平和创作，对于福建地方文化史的研究，不无裨益。
明崇祯十四年（1641），周亮工始入仕途，为潍县令．守城有功，于1643年“举天下廉卓，行取入京师。崇祯十七年（1644）春，“授浙江道试御史，未十日，逆闯破京师，公投缳，为家人救免”。据明杨士聪（甲申核真略）记载；前此数日，即崇祯十七年三月十八日，“左都御史李邦华入，言新御史周亮工等三人著效城守，宜用之城上，已具疏入告，特求票拟相应。”周亮工等并未登城，因“中贵拒之，遂回。”北京城破，周“杂难民中逸出，遂间道归白下。”（今南京市）是时明福王朱由嵩在南京即位，为弘光帝，建立南明王朝。周亮王原是愿意为南明政权服务的，可是“锦衣冯可宗诬公，从贼，罗织下镇抚狱。讥无左验，复公官。马阮又欲公劾刘公宗周，始肯补用。公笑谢之，遂奉两尊人栖隐子牛首幽栖间，不入城郭。”刘宗周（1578—1645）是晚明清官能吏，刚直不阿，清正敢言，几度被革职，几度被起用。周亮工不依附马阮，不听从马阮的旨意诬陷刘宗周，说明他那时是有正义感的，有明确的是非观念的正直官吏。
明清之际，鼎新革故。当时汉族地主官僚中的大多数，对农民起义深恶痛绝，对朱明王朝则忠心耿耿。崇祯帝死后，他们有的投缳，以死殉职，所谓追从先帝于地下，可是等到满族王室入主中原，建立新政权，他们中的一些人又不讲民族气节，投降清室，为之效命。周亮工就是这样的人，清师南下金凌，他便出山迎降。
南明马阮排斥周亮工，南下清师却拉拢周亮工。“顺治二年（1645）王师南下，特征君以原官，招抚用准。”从此以后周亮工就一头栽进满族王室的怀抱，尽心竭力地为之效劳。
顺治三年（1646）六月，清王室贝勒博各进军浙江，八月，进驻福建，在闽西一带追捕甫明隆武帝，九月，进军闽南泉川，招降郑芝龙。博洛纵兵疯狂镇压福建人民反满抗清的斗争之后一年，周亮工奉调入闽，他的吏命就是巩固并扩大博洛的战果，继续镇压福建人民的抗清斗争，巩固并加强清王朝在福建的统治。
清顺治四年（1647）周亮工被擢为福建按察使。是年秋天，周由浙江经赣从杉关入闽，先抵光泽，因道路受阻，于初冬十月抵邵武，在邵武“凡七阅月”，于1648年夏才到达省会福州。顺治六年（1649）擢为福建右布政使，十年（1653）升为左布政使，十一年（1654）擢为部察庑左副部御史，调离福建。周仕闽八年，除任按察使、布政使外，还前后兼任兵备，海防、督学、建南、漳南，兴泉等道道台。总的说，这八年仕途还是顺利的，这同他积极地参与镇压福建人民的抗清斗争，从而得到上司的赏识有关。清初，福建人民的抗清斗争，风起云涌，此起彼伏，沿海内地，莫不如此。周亮工参与镇压福建人民抗清，从地域来说，可分两条地带，一是闽北和闽西内陆山区，这些地区反清火焰较小，较分散，因而较快被扑灭，另一是闽南和闽东一带的沿海地区，反清力量规模大，声势仕、历时久，到周亮工离闽时（1654年）仍然很活跃。
顺治四年（1647）秋，周亮工抵光泽，即用计击退当地义军领袖李凤毛。是年十月至次年五月，周在邵武不分昼夜守减，亲自登城督战，既击败当地抗清义军，又清除“叛将”熊再法、秦登虎等人。顺治七年（1650）赴汀州招抚“土寇曾省，次年赴邵武平息“叛卒耿虎之变”，另外，还率军剿除建宁的陈和尚和延平的吴赛娘。
正当周亮工在闽西北率军扑灭小股反抗满清的军事力量时，民族英雄郑成功却在闽南沿海一带大举进军，打击清朝驻在福建的军事力量。顺治九年（1652）五月，郑成功率军围攻漳州，“漳泉八郡震动，援剿大军，驻师泉州。”郑成功用计将来自泉州的增援敌军诱入漳喊，重又团团围困，漳州军事态势十分险峻。福建巡抚张学圣为解漳州之围，急调正在延平巡视的周亮工为漳州巡道道台，周星夜南下，参与解围战斗。周亮工在漳州虽然不像在闽西北一样是最高指挥官，只不过是配合清朝在闽南的其他军事力量协同作战，但他为击退郑成功的抗清义军，却是竭尽全力的。这次包围与突围的战役，历时半年，双方参战的兵力有数十万，人民群众死伤惨重，蒙受了极大的灾难。据《小腆纪年附考》卷十八记载：
成功急攻城，（总兵马）逢知虞内变，令所部兵杂守陴堵，随坏随筑，久未克。时，秋谋盛涨，成功塞镇门山，激水灌之，城中食尽，人相食，枕藉死者七十余万。门巷海开，落落如游嘘墓，馋鼠饥乌白昼蹲几上，解围后存者才一二百人。（考曰：《行朝录》：有土人素慷慨，率妻子一恸绝，邻舍儿窃煮食之，见肠中累累皆故纸，字瑞隐然可辩，邻舍儿亦废箸而绝。《台湾外纪》云：有公姑欲杀其媳，媳逃归，告父母，父母曰，吾生汝，且不得食，反与波邪!杀其女食之。……守道周亮工尝为《清漳城上诗》纪其事，酸楚不忍卒读。）
考《漳城上诗》原题为《清漳城上感怀四首同唐肯堂作》，载《赖古堂集》卷八，其三为：
天宝山前百战场，鲸鲵浪涌海云荒。
饥魂彳亍霏微雨，白骨支撑远近霜。
碛里角声吹细柳，沙边旗影沸清漳。
六年瘴疠须麋苦，不信岩关路信长。
周亮工参与击退郑成功围城的进攻是很积极的，除上述漳州战役外，四年之后，他又参加了一次。顺治十三年（1656），周原在京为官，受诬被革职，返福州受审查，听候发落。其时郑成功率师攻打福州，于1656年七月，“亲帅王秀奇等将大队舟师入南台，夺其桥，再战再胜，进围福州。分兵东守乌龙江以御泉、漳救援之师，西据洪塘水口以截延津饷道，北守连江北岭，以遏温、台，惟南面近水，故不为备焉。”福州三面被围，一面临海，形势岌岌可危。八月，“巡抚宜永贵与副将田胜议分兵守乌楼，以为犄角，成功每攻城，辄为乌楼炮石所伤，乃并力攻乌楼，破之，城中益惧。参将张国威请于宜永贵，出原任藩司周亮工、副将王进于狱，（考曰：亮工时为督臣佟岱所劾，进以失守漳州下狱。）问以破敌之策，亮工曰：‘城外营垒相连，独东南一角疏防，今令王进将步骑暗过鼓山，出路通桥以袭南台海船，令田胜伏南门，李武伏西门，出不意突击，破之必矣’。”周亮工不但为巡抚宜水贵出谋献策，固守福州，还亲自在射乌楼上指挥炮战，亲手点燃大炮，击死郑成功部将领三人，使郑成功部不得不撤退。
周亮工寓闽期间，政治上投靠爱新觉罗氏，为满清王朝服务，军事上参与镇压福建人民的抗清斗争，但在文化建设和提携人才方面，却做了一些好事，受到当时及后世知识分子的好评。顺治五年（1648）春在邵武受阻，战事频仍，生活紧张，周亮工仍不忘地方文化建设，“建诗话楼，祀宋严沧浪其上，召邑诸生能诗者益日与倡和。”对闽中士人不忘品题和提携，在培养人才方面起了促进作用。试看下列两例：
黄秋声
元季词人辈出，而邵武有黄镇成，诗多奇警。《秋声集》十卷，佳句叠出，如“王孙不归怨芳草，山鬼欲啼牵女梦。”……惜梨枣朽腐。予属邵武司理何涵斋刻之郡中，更为建秋声亭于熙春山，祀其上。
陈叔度
侯官陈鸿，字叔度，家贫，无人物色之。能始石仓园在洪塘中，有渺阁，集诸同人为诗。叔度有“一山在水次，终日有泉声”句。能始叹赏，为之延誉。因即以石仓为居停，名其诗曰《秋室篇》，取李长吉“秋室之中无俗声”也，丙戌（1646）之变，”能始殉节，叔．度年七十二，不能自存，以贫病死。无子，不能葬。戊子（1648）余入闽时，客以其诗来，予悲其蒿露，谓客曰，“余任其葬，子任其诗。”因助以金，浼诸生徐存永董其事。先是莆田布衣赵十五，名璧，亦工诗，善作画，所为枯木竹石类，闽人珍之。然性孤僻，不多为人作，惟山房寺壁，则淋漓泼墨。与叔度先后死，亦不能葬。存永因举十五之棺，与叔度合摹于小西湖之侧。余为书碑曰：“明诗人陈叔度，赵十五合墓。”客刻《叔度集》，予为之序，板式精好，传之南中，莫不知闽有陈叔度矣。十五不多为诗，无传者。
周亮工不但注意评介已经死去的闽中士人，使之不泯灭无闻，面且重视正在奋进的士子，予以培养，使之更快成长，如对祖籍泉州，侨居江宁的黄虞稷（1629—1691）的培养和教育，对曾任江西广信府司理，永新县令的汀州黎愧曾的关心和爱护，便是很好的例证。
顺治十一年（1654）周亮工被擢为都察院左副都御史，十月离闽北上，次年五月抵京就任，即上疏言闽事，“又陈用兵机宜六事”，受到顺治帝的重视和赏识。正当周亮工在京师官场十分得意的时候，顺治十二年（1655）七月，浙闽总督佟岱上疏弹劾周亮工。皇帝降旨，革去周亮工职务，“赴闽质审”。
佟岱为什么要弹劾周亮工？周亮工为什么由堂堂左副都御史变成了阶下囚？周亮工本人认为那是因为佟岱张冠李戴，错误地把另一个姓周的官吏当作是周亮工，责怪他没有于海途中与佟相遇时过船恭候。（其实周亮工那次走陆路，根本未与佟相遇。）佟索贿未遂，恼羞成怒，于是故意陷害。加上周平时得罪了浙帅马进宝和泉帅马得功，于是他们三人联合起来，诬告周贪而且酷，锻炼成狱，置周于死地。这是把封建统治阶级内部官场上复杂的政治斗争看成是由生活小事引起的个人之间的恩恩怨怨。为周亮工立名宦传韵林佶（1660一？，字吉人，号鹿原，侯官人，康熙进士，授内阁中书，著《朴学斋集》。）则认为周之所以革职受审，是因他上疏言闽事，极陈郑成功父子“逆状”，首论除降寇郑芝龙，又陈用兵机宜六事。世祖皇帝深嘉纳，而公祸基此矣。……世祖密下公疏于部，遂执芝龙下狱。芝龙知公发其事，乃大恨，挥金谋报公，适督闽者方修怨撼公，一二巨帅向与公甚奇世乞者争相媒孽，飞章上告，公遂听勘。”《清史列传》的说法与林佶的说法又不同：
亮工任按察司时，福建武举王国弼及贡生马际昌、穆古子、蔡秋浦、蔡开南，史东来等创立南社、西社，兰社，党类繁众，作奸犯科，亮工申请督抚勘明定罪，勒石南台，列际昌及余党姓名。寻际昌，秋浦、国弼、开南四人毙于狱。是年（1665）五月，督臣佟岱抵任，际昌等亲属具牒辩冤，佟岱列亮工贪酷诸软以闻，命亮工回奏，寻解任，赴福建听质。……先是，亮工未就质时，按察使田起龙等据证佐定谳，谓亮工得赃四万余两，应拟轩籍没。及亮工至，质问皆虚。
周亮工一案由于前后谳词不一，在闽在京反复审理，历时六年（1655—1660）才结案，牵连所及近千人，不但被告，原告及有关证人受审查，连在福建为周工平反的司法人员，如有关州府的司理等，也被押送至京师对质审查。全串牵连致死者十数人。（周亮工在《赖古堂诗集序》中说：“案验六年，为公拷掠垂毙者百余人，毙三木下者十数人，有司白公冤死道路者一人，瘐死者二人。”）周亮工于狱中自分必死，请同狱黄济叔刻“又活一日”印一枚。最终以案情不实，无罪释放。康熙元年（1662）十月，“补山东青州海防道，五年调江南江安粮道，八年漕运总督帅颜保劾亮工纵役侵扣诸款，得旨革职逮问论绞。九年复遇赦得释，十一年（1672）死。”
当年浙闽总督佟岱以“贪酷”诸款弹劾周亮工，纵观周亮工寓闽八年的宦情，周确是酷吏，但未必是贪官。他重视文化，尊重人才，对福建的文化开发有一定的贡献。
