学术思想
　　章氏的思想受到多方影响，因为变化的历程相当繁复，依其《菿汉微言》中的自述，是以“始则转俗成真，终则回真向俗”十二字予以归结。大抵而言可以1908年（光绪二十四年）著成《齐物论释》为界。在此之前，章氏先习朴学、诸子学以及西方进化论和社会学，在因苏报案入狱之后，则改习法相宗，而后思想便以唯识学为尚，认为先秦诸子之学皆不足比拟，固可谓“转俗成真”。自《齐物论释》著成之后，章太炎因齐物思想的启示，不再仅以唯识为唯一标准，转而认为凡“外能利物，内以遣忧”之学皆有价值，开始对古今中外的学术思想进行重估。即进入“回真向俗”的境界。
　　形成章太炎思想的背景主要来自四个渊源：一为受乾嘉考证学的影响，讲求客观实证；二为跟随晚清诸子学兴起的潮流，对荀子、庄子、老子三家思想加以揄扬，尊子贬孔；三为受到严复的影响，在其早年的文章中尤其多以进化论做为理论架构；四为佛学，尤其是佛学中的唯识论，是章氏后期思想的支柱，使其思想体系中充满个体主义、相对主义的色彩。除了这四大渊源外，顾炎武、王夫之的民族思想，章学诚、戴震、孙诒让、康有为等人的思想也对章太炎具有相当的影响力。

革命思想
　　认为共和政体不如专制政体
　　章太炎阐述的，有三层意思：代议制的民主共和政体不能行之于中国；政党与议员勾结，这种共和政体还不如专制政体为宜。结论是建立共和政体只能是不得已之举。认为清朝推翻后，中国还是行君主专制为好。