光绪二十六年(1900),义和团包围外国使馆,董福祥部击毙日本外交官。朱孝臧上疏反对仇教开衅,因触怒西太后等,几获罪。次年《辛丑条约》签订后,以“忠心谋国”升为内阁学士,擢为礼部侍郎。是年秋,外放广东学政。因与总督意见不合,引病退职,卜居苏州。不久,被聘为江西法政学堂监督。宣统元年(1909),为弼德院顾问大臣,因病未赴任。辛亥革命后,隐居上海。袁世凯欲聘为高等顾问,一笑拒之,后在天津以君礼参拜废帝溥仪,卒于上海。
朱孝臧有亲兄弟三人:二弟孝威,分省补用道;三弟祖谦,江苏候补巡检;四弟祖誉,国史馆誊录。朱孝臧原配严氏封一品夫人,侧室陆氏。严氏出一子:方诒,二品荫生,官山东通判。才隽有父风,壮年殒折。娶夏氏,孙桐第二女也。孙一:贞同,奇慧先殇。所以继大宗者尤可待。晚抚仲弟子方饬为嗣。