朱之瑜的学术博采众家所长，常谓“千金之裘，非集于一狐之腋”，博通经史，最喜《资治通鉴》，长于《春秋》；道德思想方面，主张忠君爱国，推崇苏武、文天祥的伟大人格。正是这种不尚虚华的学风、扎实严谨的学问和刚直崇高的人格，他的学术于日本发扬光大，当时的日本学者以师事朱之瑜为荣，比拟为“七十子之事孔子”。他的学生遍布日本，最著名的有历史学家、《大日本史》的作者安东守约，日本儒学古学派的奠基人、江户时代著名哲学家伊藤仁斋，德川家康的孙子、政治家、儒学“水户学派”的始祖德川光国，江户时代著名经学家山鹿素行、木下顺斋等等。朱之瑜一生著述不甚多，但几乎全在日本所撰，有《朱舜水先生文集》、《安南供役纪事》、《阳久述略》、《释奠仪注》等等。

　　他论学问，以实用为标准。所谓实用者，一曰有益于自己身心，二曰有益于社会。他说：“为学之道，在于近里着己，有益天下国家，不在掉弄虚脾，捕风捉影。……勿剽窃粉饰自号于人曰‘我儒者也’。处之危疑而弗能决，投之艰大而弗能胜，岂儒者哉？”他对明朝的八股取士深恶痛绝，认为“明朝以制义举士，初时功令犹严，后来数十年间，大失祖宗设科本旨。主司以时文得官，典试以时文取士，竞标新艳，何取渊源。父之训子，师之教弟，猎采词华，埋头哗哔，其名亦曰文章，其功亦穷年皓首，惟以剽窃为工，掇取青紫为志，谁复知读书之义哉！既而不知读书，则奔竞门开，廉耻道丧官以钱得，政以贿成，岂复识忠君爱国，出治临民！”他还娴习艺事，有巧思，“尝为德川光国作《学宫图说》，图成，模之以木，大居其三十分之一，栋梁机椽，莫不悉备。而殿堂结构之法，梓人所不能通晓者，舜水亲指授之，及度量分寸，凑离机巧，教喻缜密，经岁乃毕。光国欲作石桥，舜水授梓人制度，梓人自愧其能之不及。此外，器物衣冠，由舜水绘图教制者甚多。”他在日本虽受人崇拜，但他敢批评日本人心胸狭隘、“量窄意偏”，日后必为中华之祸，“不佞视贵国人，……尝怪周虓，量窄意偏，……所以此念灰冷。”