后来安积觉、今井弘济、五十川刚伯、服部其衷、下川三省五人先后成了朱之瑜的近身弟子，并负起年事已高、不谙日语的老师的起居照料、侍奉，对外应酬、联系之责。
这五位弟子中数安积觉日后成就最大，和德川光国一起成为日本水户学派的领袖人物。他13岁从师朱之瑜，接受蒙学。后因父亲病故回家奔丧而中辍学业。安积觉成年后，回忆起自己之所以能学有成就，是因为当年先生“课程严峻，晨读夕诵，故至今不忘耳”。朱之瑜很喜欢这个体弱多病的学生， 亲自为他题写一本作业簿，督促他“逐日书其功课”。安积觉到了晚年还告诫其孙辈：（舜水先生的）“片言只字，皆藏而宝护之，凡吾子孙，当敬之如神明，其有沦落丧失者非吾子孙。”
朱之瑜对其他几位近身弟子也尽心尽力，爱抚备至。他见下川三省“温存淳谨”，“抚之如慈母，督之如严父”。学生五十川刚伯学有基础，朱之瑜怕他“读书难入易出”，鼓励他不要虚费韶华，更上一层楼。服部其衷初投朱之瑜门下，因思乡不安心学习，朱之瑜既不急促，也不为他祚病所惑， 严格要求，一个月后服部其衷学业大进，和老师的感情也日厚笃深。朱之瑜在日本从事教育20余年，其间，或执弟子礼，或从其质疑问学的学生远不止上述几位。学有成就的，还有林春信、佐左宗淳、人见传等人。
后来的日本学者评价说：“天佑以还，儒学以经世治民为要道，不务空理虚论，皆舜水所赐也……不惟后来明治维新受此良好之影响，即于朱氏学说本身发扬而光大之，其功亦伟矣！”梁启超在评论朱舜水时也说：“中国儒学化为日本道德基础，也可以说由舜水造其端。”“舜水人格极为高尚严峻，所以日本知识阶层受其感化最深。”
