朱之瑜定居日本後，冷静地回顾和研讨明亡的历史教训，并在六十二岁时，即明亡後的第十七年，写下了著名的《中原阳九述略》。这篇著作共分四章。 第一章题名“致虏之由”。舜水认为明亡的原因主要有二：一是政治腐败。“中国之有逆虏之难，贻羞万世，固逆虏之负恩，亦中国士大夫之自取也。语日：‘木必朽而後蛀生之。’未有不朽之木，蛀能生之者也”。二是学术虚伪。明末科举制成了文人士子攫取个人功名的手段，所以人们穷年皓首于猎取华词、埋头 哗哔之中，不知读书以出治临民之义哉！

　　第二章论“虏势二条”。一条论天启、崇祯年间，边臣失职，致虏披猖；二条论虏入中原後，搜括徵发，使天下骚然。第三章讲“虏害十条”。

　　舜水痛斥满清入主中原後的十大罪状有：1.东人之害，自江以北至南京。2.沿海有防边、养兵、藏匿、接济之害。3.近海有造船、帮工、值匠之害。4.签发舵梢之害。5.内地有签派船料、搬运木植之害。6.省会近城各郡有放债举息、买官附营之害。7.仕宦有配发上阳堡、甯古塔之害，并入旗披甲之害。8.买官但计有钱，不问色目之害。9.打老鼠之害。10.拆房屋之害。

　　第四章名为“灭虏之策”。“灭虏之策，不在他奇，但在事事与之相反。”舜水举例说：“彼以残，我以仁；彼以贪，我以义。解其倒悬，便已登之席；出之汤火，斯为沃之清凉。则天下之赤子与天下英雄豪杰，皆我繈袱之子，同气之弟，安有不合群策，毕群力，以报十七年刺骨之深仇哉？逆虏虽有神谋秘策，亦无所再施。况黔驴之技人穷，山鬼之术尽露。全为百姓勘破，毫无足惧。故知一败涂地，必不可支也。”篇末署名“辛丑年六月望日，明孤臣朱之瑜泣血稽颡拜述”。耿耿忠义之情，力透纸背。这篇著作书写完毕，舜水拜托他的日本至友安东守约收藏保存，谓“他日采逸事於外郡，庶备史官野乘。”