蒲宗孟还参加过给皇帝修起居注和修国史的工作，后又升为翰林学士兼待读。翰林学士负责为皇帝起草诏书，待读是给皇帝讲学的，都是非常接近皇帝的职务。有一天，神宗对蒲宗孟说："翰林学士的职务很清高，又很接近君主，不是其他官员能比的。"于是赏赐蒲宗孟官服上佩戴金鱼。学士在官服上佩戴金鱼，是从薄宗孟开始的。在蒲宗孟任翰林学士兼待读期间，枢密都承旨张诚一很放肆专横。他的地位在学士之上，更加接近皇帝和经常参与重大政事。他经常假借皇帝有什么旨意来威胁其他官员，蒲宗孟觉察到这一点，就到皇帝跟前问皇上究竟有没有这些旨意，结果都是假的。皇上从这件事看出了蒲宗孟这个人刚正不阿，于是加封他为尚书左丞，后来，又升迁他为资政殿学士。

　　蒲宗孟晚年，出任过豪州、杭州、郓州知府。郓州在今山东，靠近梁山泊，历来多强盗。蒲宗孟到了那里，严厉打击盗匪，终于把盗匪治理得差不多了。但是，蒲宗孟的措施也太残忍了一些，即使是一些小偷小摸的人，只要被抓住了，也要将其脚筋割断，而且有时候并没有把情况完全弄清楚，冤枉好人的时候也是有的。因此，史书上批评他"为政惨酷"。

　　蒲宗孟最后任河中知府，到任后不久就病死在任上。蒲宗孟与北宋理学家周敦颐友善，将其妹许与周敦颐为妻。

　　蒲宗孟善于读书，学问也是很高的。他经常告诫子弟："寒可无衣，饥可无食，书不可一日无。"他著有文集50卷，奏议20卷，今己失传。他还在家乡修了一座"清风楼"专门藏书，供后人诵读，这是南部县最早的私人图书馆。