大中祥符年间,真宗东封泰山,诏举齐鲁人才。穆修得选。大中祥符元年(1008年)考中进士,被委以泰州司理参军。按惯例,新官上任先要拜会通判。可穆修自负才气过人,不肯违心随俗。对一班庸俗之辈,更是不理不睬。很快得罪了包括通判在内的一批人。后来通判捏造了几条罪名,将他贬往池州,年余方得自由。
他过着贫寒的生活,志趣操守,一如既往。亳州知府张知白,一向欣赏其文才,请他为新落成的佛庙作《记》。一豪富为将自己名字书于《记》中,以白银50两相贿。穆修一言不发,掷银院中,即打点行装返家。豪富次日携更多银子登门。穆修怒喝道:“我宁愿吃不上饭去乞讨,也不会拿你这不干净的银子,来玷污我的文名的!”
数年后,他被补为颍州文学参军。清贫一如旧日。母亲去逝,他背负以葬,日诵《孝经》、《丧记》,不用浮屠为佛事。自此,他再无牵挂,对自己的追求更加执著。他动手镂刻濒于失传的唐本韩、柳文集数百帙,千里迢迢肩挑于都会开封。一次,他在相国寺卖书,遭到几个儒士模样人的刁难。穆修怒目而视,说:“你们有谁能读其中一篇不错一句,我就把全卷赠送给他!”结果几个“儒士”当众出丑。穆修鬻书相国寺的消息,很快在社会上传开。尹洙、苏舜钦兄弟等径向投师。穆修视为知己,谆谆教授,终使他毕生提倡的古文运动得以后继有人,发扬光大。
穆修的文章存者不多,但颇有深度。如《亳州魏武帝帐庙记》称赞曹操“伐谋制胜,料敌应变”。