在宋代学术史上，叶适有重要的地位，他在学术上的贡献，全祖望认为“水心较止斋又稍晚出，其学始同而终异。永嘉功利之学，至水心始一洗之。然水心天资高，放言砭古人多过情，其自曾子、子思而下皆不免，不仅如象山之诋伊川也。要亦有卓然不经人道者，未可以方隅之见弃之。乾、淳诸老既殁，学术之会，总为朱、陆二派，而水心龂龂其间，遂称鼎足。然水心工于文，故弟子多流于辞章。”这段话说明了水心之学的几个方面。
一是水心之学在永嘉之学中的地位。宋代的永嘉学派重要人物是周行己、许景衡等所谓的永嘉九先生。永嘉学派中实际包括两个学系，一是“二程”的洛学，一是张载的关学。这就是全祖望说的：“世知永嘉诸子之传洛学，不知其兼传关学。”传洛学中尤以周行已为重要，“永嘉诸先生从伊川者，其学多无传，独先生尚有绪言”。南宋永嘉学人在传洛学方面，应当提到郑伯雄、伯英兄弟，以及薛季宣、陈傅良等。叶适与薛季宣、陈傅良的关系密切，特别是与陈傅良的关系。叶适14岁结识陈傅良并从学，此后交游40年。南宋的永嘉之学始是“教人就事上理会，步步着实，言之必使可行，足以开物成务”。
所以永嘉之学到了水心，才“一洗之”，这句话可以商榷，但也点出叶适在永嘉学派上的地位。叶适提倡功利，但把讲功利与讲义理结合起来，反对空谈性命，讲求学统，说：“读书不知接统绪，虽多无益也”（《水心文集·赠薛子长》）。叶适虽对理学家有所批判，但他并不是不重视学统，虽然他的道统与程朱的道统观又有差异。叶适完成了薛季宣、陈傅良对永嘉学的构建。叶适写《习学纪言序目》时，已经是晚年，对历代儒家经籍和道统都有批判。
叶适的经制之学重典章、重经济、重致用，倡改革，又讲义理。永康的事功之学专言事功，主张“义理之学不必深穷”。水心同这些有差异。
二是水心之学的学风。“水心工于文，故弟子多流于辞章”，这是说叶适与永嘉诸子的不同之处。从另一角度来看，也反映了叶适在理论上的深度不足。《四库全书总目》对《习学纪言》有一段评论，说这本书斥汉人言《洪范》五行灾异之非，确能有所见，“足与其雄辩之才相副”；但指出叶适在论太极生两仪的论述，是“文浅义陋”。《四库全书总目》引陈振孙的话，说《习学纪言》“其文刻峭精工，而义理未得为纯明正大”。
至于说叶适的门人多流于辞章，那是学风的影响所及。但《宋元学案》又说水心门人也有差别：“水心之门，有为性命之学者，有为经制之学者，有为文字之学者。”还有王大受（拙斋）这样“欲以事功见其门庭”的学者。
三是水心之学的影响。南宋乾道、淳熙之际，宋代文化又出现了一个高潮。最初有朱熹的朱学、吕祖谦的吕学以及陆九渊的陆学。所谓的朱学、吕学、陆学，鼎足而三。或谓是朱学与吕学和张栻的湖湘之学，是南宋的三大学派。而张栻死于淳熙七年（1180），次年吕祖谦也逝世。从此是朱陆两分天下，叶适的崛起，成为一大宗，遂与朱、陆鼎立而三。但水心之学无法与朱、陆相抗衡。南宋后期，朱学地位在提高，朱、陆合流、相互出入，成为一种文化潮流。朱熹指责陆学之弊是偏，而永康、永嘉之学是大不成学问。这种学术上党同伐异，不足取。应该说，水心之学是卓然一家，根柢《六经》，折衷诸子，辩理学家说《易》及解《中庸》、《大学》之非，以为“舍孔子而宗孟轲，则于本统离矣”。诸多论断显现思想批判的光华，虽然仍是本《六经》之根本。
叶适讲究“功利之学”，认为“既无功利，则道义者乃无用之虚语”。主张“通商惠工，以国家之力扶持商贾，流通货币”（《学习纪言》），反对传统的“重本抑末”即只重农业、轻视工商的政策。强调“道”存在于事物本身之中，“物之所在，道则在焉”。物由气构成，五行八卦都是气的变化形态。提出“一物为两”、“一而不同”的关于事物对立统一的命题，认为事物对立面处于依存、转化之中，但强调“止于中庸”。认识上主张“以物用不以己用”，提倡对事物作实际考察来确定义理。反对当时性理空谈，对于理学家们所最崇拜的人物如曾子、子思、孟子等，进行了大胆的批判。认定《十翼》非孔子作，指出理学家糅合儒、佛、道三家思想提出“无极”、“太极”等学说的谬论。在哲学、史学、文学以及政论等方面都有贡献。
诗文创作
在诗文创作上，继承韩愈“务去陈言”、“词必己出”的传统，从观点到文字均力求新颖脱俗，提倡独创精神，主张“片辞半简必独出肺腑，不规仿众作”（《归愚翁文集序》）。其文雄赡，才气奔逸，尤以碑版之作简质厚重而著名当世。他不满江西诗派奇拗生硬和“资书以为诗”的诗风，而倾向于晚唐，尤其尊崇姚合、贾岛的流利清淡。与“永嘉四灵”（徐照、徐玑、赵师秀、翁卷）等人友善，曾刊印他们的诗集，并极力推崇，如在《徐文渊墓志铭》中说“四人之语遂极其工，而唐诗由此复行矣”。他的诗“用工苦而造境生”、“艳出于冷，故不腻，淡生于炼，故不枯”（《宋诗钞·水心诗钞》）。所作不限于五律，多五七言古，题材大于“四灵”。
重教兴学
叶适一生重教兴学，以培养人为己任。少年时期，他边读书边讲学。中年时期，在求学之间，从政之暇均设熟授徒。叶适罢职还乡后，尝寓居台州、黄岩、温岭一带办学授业，培养出陈耆卿、吴子良、丁希亮等许多名士，对台州当时学术界影响颇大。后入在台州路桥罗洋街叶适讲学处建毓英庙纪念。
为政举措
叶适于“开禧北伐”之前，即极力谏止，晓以利害。在战争中，特别是他节制江北的过程中，解和州之围，实施以江北守江的战略，收到了成效。
