《西湖游览志》里记载了马光祖的绝妙判词。说的是后来荣王晋升为福王，将福王府空余的房子出租给市民居住，只收房钱不修房子。有些胆大的居民看到房漏不修，就拒付房钱。福王府便派人至临安府讼民，马光祖调查后判道：“晴则鸡卵鸭卵（鸡蛋大鸭蛋大的洞透光），雨则钵满盆满。福王若要屋钱，直待光祖任满。”
更绝的是元·吴莱《三朝野史》里记载的马光祖判案的故事：一个书生翻墙进入所爱少女房间，被官府关押。马光祖一问案由，就出题《逾墙搂处子诗》面试，那书生秉笔疾书：“花抑平生债，风流一段愁。逾墙乘兴下，处子有心搂。谢砌应潜越，韩香许暗偷。有情还爱欲，无语强娇羞，不负秦楼约，安知漳狱囚。玉颜丽如此，何用读书求。”马光祖一见，大加赞赏，不但不责罚书生的非礼之举，反填一首《减字木兰花》词，判二人结婚：“多情多爱，还了平生花柳债。好个檀郎，室女为妻也合当。雄才高作，聊赠青蚨（指钱）三百索。烛影摇红，记取冰人是马公。”便令女方将女嫁生为妻，且厚赠嫁资，一时被市民传为京城佳话。此判词后被收入《全宋词》；此故事也被收录《情史》中，名叫《词判风流案成就美姻缘》；元杂剧中也有一出曲目叫《马光祖勘风尘》。
马光祖判案的故事还很多。 南宋分类汇编诉讼书判和官府公文的《名公书判清明集》中有一节《哗徒反覆变诈纵横捭阖》里记载马光祖提点两浙路刑狱、负责浙江一带司法审判期间，地方曾发生无赖之徒借死人事件大敲竹杠、大发不义之财的恶性案件：有个流丐胡四四跑进住在街道旁的居民曹十一家里乞讨，犯了叫化子不能进客堂的忌讳，被曹十一捆起来毒打了一顿。事隔近两个月后，胡四四因病死去，恰巧其血亲胡四三也来当地，以兴讼为能事的无赖娄元英便像是发现了宝货。娄先教唆胡四三上曹家吵闹，道是胡四四的死因乃遭彼毒打，伤重不治，威胁要告官；然后自己登门，愿为胡、曹息讼，充当和事佬。曹十一怕见官司，情愿拿出田产和钱财作陪「私了」，一切均由娄元英经手，狠捞了一票，旋将胡四四的尸体焚化。本来这事也就算完了，孰料焚尸时，被曹晖和曹升两人看见。娄元英怕他俩会告官，败露自己的劣迹，索性来个恶人先告状，又与胡四三连名具呈，控诉曹晖、曹升包庇曹十一打杀胡四四。马光祖审后写了判词说：“一开始教唆胡四四诈来的是你娄元英，继而卷起袖管发话捏合的是你娄元英，主张焚尸的又是你娄元英，最后公然具名诬告曹晖曹升的，还是你娄元英！按说胡氏之死，与娄氏有何相干？似这等无籍讹徒，别无手艺和工作，专靠搬弄词讼为生计，逐臭闻腥，索瘢寻垢，事情一到他手上，倒横直竖，全归他摆布，利益归他攫取，灾祸让别人承担。倘不痛加惩办，这社会风气的好转，从何谈起？”因此判决：娄元英脊杖十三，发配五百里外地方管押，并将其审判结果在地方张榜公布，让犯有类似过失的地痞浪人悔悟自新，洗心革面，从而达到安抚地方百姓的目的。此故事还收入出版的《六扇门(中国古代官匪斗争的传奇故事)》一书中，标题为《马光祖勇对难缠讼棍》。
宋·赵葵《行营杂录》中有《捕蛙陷夫》一文：说的是现今的浙江省丽水，宋朝时称为处州。当时的处州府颁布了一条规定，禁止村民捕捉青蛙。有一村民，无视官府禁令，到田野中逮捉青蛙，欲在城中销售以换取些银两。为对抗检查，他把冬瓜瓜蒂切一小口，掏去了内瓤，将捕获的青蛙藏于其中。黎明时分，他带着冬瓜镇定自若地准备进城。可刚到城门口，就被守城的士兵人赃俱获地抓了个正着。捕蛙村民被带到了大堂之上，对这种事实清楚，证据确凿的案件，官府本可依律令一判了之，可知府马裕斋（光祖）没有这样做。他好生感到奇怪的是，捕蛙村民如此巧妙的伪装，守城的士兵是如何识破的？为揭开心中疑团，马裕斋讯问了捕蛙村民。问：“你是什么时候捕捉这些青蛙的？”答：“是半夜”。问：“你捕捉青蛙一事还有谁知道？”答：“只有我的老婆知道”。于是，知府大人便差人将村民之妻传至大堂上问话。经过一番审讯，终于弄清了缘由。原来，捕蛙村民的老婆与他人私通，奸夫为霸占她，想出一陷害村民的歹毒之计，让她教村民如何捕蛙的同时，自己又向守城的士兵进行了举报。马裕斋遂将奸夫淫妇绳之以法。此故事也被明朝冯梦龙收入《智囊全集》里。
