顺治三年(1646年)中举，顺治六年(1649年)进士，授刑部主事，奉使桂林，历员外郎，刑部尚书称赞他“引经折狱，平反者盈十百，而大憝者终无幸者。” 顺治十三年（1656年），参加高等御试，名列第一，遂擢山东提学佥事，取士“崇雅黜浮”，有“冰鉴”之誉，当时“四方名士”慕其名而“负笈问业者无虚日”，“闰章一一应之，不少倦”，“士以此益归其门”。任上曾录取蒲松龄为童子试第一名，又修葺孟庙、闵子庙、伏生祠墓等。在济南居官五年，对济南风物多所题咏。
顺治十八年（1661年），调任江西布政司参议，分守湖西道，辖临江、吉安、袁州三府。当时湖西地区天灾人祸，盗贼蜂起，民不聊生。施闰章一到任上，即往民间了解民情，发现农民无力交粮，被逼为盗，他作《劝民急公歌》、《湖西行》等诗，进行劝导。他还遍历湖西的崇山峻岭，低谷大川访问民间疾苦，作《大阬叹》、《竹源阬》等诗，反映民间生活状况，希望省抚大吏引起重视。他在《大阬叹》中写道：“杀人税无出，迟回伤我心……宿甫既累岁，敲骨力难任。民顽实吏拙，素食惭官箴。”他在《竹源阬》中写道：“茕茕数寡妇，零落依孤村。凶年艰半薮，撮土招游魂。”这些诗真实反映了民间疾苦，代表人民的呼声，受到当地人民的爱戴。他在任上十分注重民风教化，在袁州重建昌黎书院，在吉安修葺白鹭书院，亲自讲学，主张“以存诚立教。”由于一系列惠政，百姓尊称他为“施佛子”。康熙六年（1667年），清廷裁撤道使，被罢官。湖西地方父老乡亲多次联名挽留不允，于是地方集资创设龙冈书院，以纪念他的德政。 及至告别之日，“父老夹道焚香，泣送数十里”。
施闰章归乡闲居十年，一心服侍叔父施誉终老，无意仕途，每遇朝廷征召，称病不就。康熙十八年（1679年）朝廷开博学鸿儒科，他仍称病不应。还是其叔一再劝说，他才离家北上，经过考核，名列二等第四名，授翰林院侍讲，纂修《明史》。康熙二十年（1681年），任河南乡试正考官，二十二年（1683年）转侍读，并作《太宗圣训》的纂修官，1683年闰六月十三日（8月5日）病逝于京邸。
