公元1313年二月,仁宗即位不久,二十七岁的贯云石就被任命为翰林侍读学士、中奉大夫、知制诰同修国史,这是一个能直接向皇帝提供政治见解、参予制订国家政令的要职。仁宗说:“翰林、集贤儒臣,联自选用,汝等毋辄拟进。人言御史台任重,朕谓国史院尤重;御史台是一时之公论,国史院实万世公论也。”(《续资治通鉴》卷198)贯云石想到自己被皇帝亲自委以重任,成了赤县神州第一个维吾尔族的翰林学士,感慨万分:“迩来自愧头尤黑,赢得人呼‘小翰林’。”(《神州寄友》)小翰林充满信心,积极参政,直言敢陈。他与翰林承旨程文海一起制订恢复科举的条令,“多所建明”;他向仁宗进自著的文白对照的《孝经直解》;又递交了万言书,条陈释边戍、教太子、立谏官等六事。然而,科举制度迟迟不能恢复,《孝经》已引不起仁宗的兴趣,万言书被仁宗空许为“往往切中时弊”,却不予采纳,反而触犯了一班反对改革的权贵。此时,姚燧已辞官家居。贯云石深感自危,也清醒了许多。这位任职刚一年的“小翰林”,毅然称疾辞归江南,结束了自己的政治生涯。他的一首〔清江引〕生动地表达了当时的心情:
竞功名有如车下坡,惊险谁参破!昨日玉堂臣,今日遭残祸。争如我避风波走在安乐窝。
然而,贯云石这五年的大都生活并没有白过。这期间,他创作了许多清丽婉腻的散曲,世人将它们和散曲名家徐再思(号“甜斋”)的作品并称为“酸甜乐府”;他写下了著名的《〈阳春白雪)序》,也写出了不少奇诡激烈的歌行诗。就在贯云石刚刚就职翰林学士之时,程文海为贯云石诗文集写过一个跋,指出贯在文学上造诣深湛,前程不可限量,还说:“盖功名富贵有不足易其乐者,世德之流,讵可涯哉!”程文海慧眼独具,他道出了贯云石品格上的可贵之处。贯云石仰慕屈原、李白、陶渊明,决心从政治的漩涡中冲腾出来。