光绪二十八年(1902),迁任四川按察使。时广安州有不法之徒聚众捣毁学堂,他得到报告后立即组织侦缉,很快就查获4人,他要将4人按土匪正法,总督锡良出面求情,当朝某公主亦想加以庇护,冯煦刚正不阿,抗颜力争,最后由皇上定夺,将锡良削职,公主亦遭“廷训”。
光绪三十一年(1905),迁任安徽布政使兼任提学使。光绪三十二年(1906),时任安徽巡抚的恩铭,被浙江同盟会革命党人徐锡麟暗杀,清政府擢升冯煦为安徽巡抚,处理枪杀案,他以“治其狱,不株连一人,主散胁从,示宽大”的办法妥善处理好此事。徐锡麟被处决后,冯巡抚又公开为其题了一幅对联,书写在安庆的大观亭里,对联曰:
“来日大难,对此茫茫百端集;英灵不昧,鉴兹蹇蹇匪躬愚。”
上联的意思,是感慨清廷将亡(来日大难),徐锡麟眼下虽是“逆贼”,日后却是勋臣烈士,自己站在徐的墓前,想着朝廷之必亡与革命之必胜,心头茫然,百感交集;下联的意思,是公然赞誉徐锡麟(英灵不昧),希望徐的英魂能够原谅自己对他的处决,不过是奉命行事,为清廷尽一愚忠罢了。
事后他上疏朝廷:“今者党祸日亟,民不聊生,中外大臣不思引咎自责,合力图强,乃粉饰因循,苟安旦夕,贻误将来,大局阽危,日甚一日。”建议“挽救之方,惟一核名实,明赏罚为第一义,而其要则在民为邦本之一言。有尊主庇民之臣,用之勿疑;有误国殃民之臣,刑之勿赦。政府能使天下自治,则天下莫能乱;政府能使天下举安,则天下莫能危。根本大计,实系于此。”然而,其用心虽好,却引起朝廷权贵们的忌恨,从此便对他处处加以掣肘,任安徽巡抚之职仅一年,他就被两江总督端方借故“有革命之嫌”遭罢官而回乡。
宣统二年(1910),江苏、安徽遭受严重水灾,清廷又起用了罢官在家的冯煦为查赈大臣。他“食不甘味,寐不安枕”地巡视灾区。在任不到一年的时间里,他的足迹遍及两省乡邑,赈济灾区39个州县,放款300余万。《清史稿》中对这段历史作了较详细的记载:“后复立义赈会,连年水旱,兼有兵灾,远而推至京直鲁豫湘浙,无岁不灾,无灾不赈。”对冯煦也有“与荒政相终始,仍以民为重”的赞誉。冯煦不仅以救赈为己任著称于时,而且还因势利导,积极筹资兴修水利,组织疏浚东台竹港,建闸泄洪,使万顷农田受益,修筑浙江缙云县海塘石堤,防止海水倒灌,使沙土变沃壤,在他的家乡金坛,修筑了小至岸头的长堤,罗家村的圩堤和其他多处圩堤等。
民国后冯煦寓居上海,自号蒿隐公,以遗老自居,曾创立义赈协会,承办江淮赈务,并参与纂修《江南通志》。年已八十,犹能作蝇头小楷。煦工诗词骈文,尤以词名,所著《蒙香室词》,谭献以为深入容若、竹坨之室。壮年诗,则多凄咽之音。又著有日记四十五册,积六十二年,迄殁之日,皆精楷不苟。民国十六年(1927)夏天去世,享年八十五岁。
冯煦的另一突出贡献是对方志事业的建树,他先后用10多年的时间总纂了《江苏省通志》,主编《金坛县志》、《凤阳府志》,以及溧阳、镇江、嘉兴、宝应、睢宁、宿迁等地的府、县志书。所编志书以其范围广泛而又纲目清晰,内容充实完备,资料翔实可靠,文采斐然,典雅清丽而著称于世。