光绪二十八年（1902），迁任四川按察使。时广安州有不法之徒聚众捣毁学堂，他得到报告后立即组织侦缉，很快就查获4人，他要将4人按土匪正法，总督锡良出面求情，当朝某公主亦想加以庇护，冯煦刚正不阿，抗颜力争，最后由皇上定夺，将锡良削职，公主亦遭“廷训”。
光绪三十一年（1905），迁任安徽布政使兼任提学使。光绪三十二年（1906），时任安徽巡抚的恩铭，被浙江同盟会革命党人徐锡麟暗杀，清政府擢升冯煦为安徽巡抚，处理枪杀案，他以“治其狱，不株连一人，主散胁从，示宽大”的办法妥善处理好此事。徐锡麟被处决后，冯巡抚又公开为其题了一幅对联，书写在安庆的大观亭里，对联曰：
“来日大难，对此茫茫百端集；英灵不昧，鉴兹蹇蹇匪躬愚。”
上联的意思，是感慨清廷将亡（来日大难），徐锡麟眼下虽是“逆贼”，日后却是勋臣烈士，自己站在徐的墓前，想着朝廷之必亡与革命之必胜，心头茫然，百感交集；下联的意思，是公然赞誉徐锡麟（英灵不昧），希望徐的英魂能够原谅自己对他的处决，不过是奉命行事，为清廷尽一愚忠罢了。
事后他上疏朝廷：“今者党祸日亟，民不聊生，中外大臣不思引咎自责，合力图强，乃粉饰因循，苟安旦夕，贻误将来，大局阽危，日甚一日。”建议“挽救之方，惟一核名实，明赏罚为第一义，而其要则在民为邦本之一言。有尊主庇民之臣，用之勿疑；有误国殃民之臣，刑之勿赦。政府能使天下自治，则天下莫能乱；政府能使天下举安，则天下莫能危。根本大计，实系于此。”然而，其用心虽好，却引起朝廷权贵们的忌恨，从此便对他处处加以掣肘，任安徽巡抚之职仅一年，他就被两江总督端方借故“有革命之嫌”遭罢官而回乡。
宣统二年（1910），江苏、安徽遭受严重水灾，清廷又起用了罢官在家的冯煦为查赈大臣。他“食不甘味，寐不安枕”地巡视灾区。在任不到一年的时间里，他的足迹遍及两省乡邑，赈济灾区39个州县，放款300余万。《清史稿》中对这段历史作了较详细的记载：“后复立义赈会，连年水旱，兼有兵灾，远而推至京直鲁豫湘浙，无岁不灾，无灾不赈。”对冯煦也有“与荒政相终始，仍以民为重”的赞誉。冯煦不仅以救赈为己任著称于时，而且还因势利导，积极筹资兴修水利，组织疏浚东台竹港，建闸泄洪，使万顷农田受益，修筑浙江缙云县海塘石堤，防止海水倒灌，使沙土变沃壤，在他的家乡金坛，修筑了小至岸头的长堤，罗家村的圩堤和其他多处圩堤等。
民国后冯煦寓居上海，自号蒿隐公，以遗老自居，曾创立义赈协会，承办江淮赈务，并参与纂修《江南通志》。年已八十，犹能作蝇头小楷。煦工诗词骈文，尤以词名，所著《蒙香室词》，谭献以为深入容若、竹坨之室。壮年诗，则多凄咽之音。又著有日记四十五册，积六十二年，迄殁之日，皆精楷不苟。民国十六年（1927）夏天去世，享年八十五岁。
