徐鹿卿调到南安军学（“南安军学”，学堂名，后又改为“周程书院”，当时有“南安军学甲江西”之说）担任教授。张九成曾因为正直行事被贬官而居住在那里，徐鹿卿收集他的言行，把它刻在学校作为训诫。之前周敦颐、程颢及其弟程颐都曾在这个地方讲学，徐鹿卿进一步弘扬他们的教义，从此崇理重义的学风重新兴盛起来。徐鹿卿还制定资助士人的制度。助学的田地多在溪流、山洞等低洼之地，加上以前征收赋税缺乏一定的尺度，农民为此困苦不堪。徐鹿卿好好地慰问、安抚他们，从此再也没有拖欠租税的人。后来强盗兴起，环城的房屋许多都被毁坏，只有学校幸免于难。徐鹿卿说：“这是强盗也不想骚扰我们的缘故啊。
”
真德秀称赞徐鹿卿心气平和、言行正直，有关爱百姓之诚心。徐鹿卿就被调职去主管尤溪县。德秀驻守泉城时，又调任徐鹿卿为南安的县令。徐鹿卿以不便供养母亲而请辞。德秀说：“我们道同志合，一起来救助民众，还害怕你的母亲不让你来吗？”徐鹿卿进去禀报母亲，母亲欣然答应。到了南安后，徐鹿卿首先免除那些没有依据的科税，厘清登记户口、土地的薄册，偿还官府向民间预先借支的各种赋税，疏通百姓上访的渠道，平反冤案错案。南安因此变得非常安定。
某年督府要强行收取秋熟谷物的赋税，要建昌要交纳米粮五千斛。徐鹿卿据理力争，说：“我的官可以不做，但米粮是决不会交的。”百姓恐怕徐鹿卿被调走，纷纷请求交粮来完成督府的任务。徐鹿卿说：“百姓为我考虑得很周全了，难道我就不替百姓着想吗？”最终在徐鹿卿的坚持下，建昌被免掉了秋税。
某年收成不好，闹了饥荒，到了人吃人的地步。徐鹿卿就拿出府中贮藏的米粮三千多石，以半价来出售，除了一部分冲抵府库的利钱，又拿出一万七千缗钱来救助灾民，劝居民收养那些被遗弃的小孩，由官府每日补助他们钱、米。所救活的人有几百人。徐鹿卿平时宴集也不演奏音乐（以节约开支）
岳珂驻守当涂时，私自制造茶、盐，自己在幕后操纵来获取暴利，各种滥征的捐税名目繁多，导致路上再也没有商旅出行，民生反而比从前更加艰难。皇上命令徐鹿卿去核查此事，当地的官吏听说后争着逃跑、躲藏。徐鹿卿给他们一个交待问题的宽松的期限，并亲自去核查情况，全部掌握这些人犯案的证据。后来岳珂被免职，徐鹿卿兼任太平的主管，又暂时掌管茶、盐事务。
鹿卿在家中对父母孝敬，对兄弟友爱，喜怒不形于色，从来不计较个人恩怨，他的亲族、同乡都对他有好感。他做官时，廉洁节俭，刚直不阿，一分一毫都不乱拿，他的房子也简陋得仅仅能够遮蔽风雨而已。
