三教合一
　　长春真人直接继承了王重阳三教合一的思想，认为先圣所示之大道，各有旨趣而一理相贯，不相违逆。他曾说：“儒释道源三教祖，由来千圣古今同”（《磻溪集》卷一）。三教大道，皆可救世，适时而用，只是世人执迷不悟，自造忧患。在处世上，他说“和光同尘随是非，化声相待无相洁”，然而“达士随方化有情”（《磻溪集》卷三），就是说达士无除暴惩恶之权，只宜随缘说法，方便行事，弘扬教化，引人向善而已。虽然“众人皆不悟，三教莫能规”（《磻溪集》卷四），而长春真人仍致力于“建德随方料物宜，因时设教从人乐”（《磻溪集》卷三）。真人年逾七旬，西游万里，度化成吉思汗戒杀。

悲世悯人
　　追溯长春真人往昔的悲世悯人思想言行，就更可以知其为人了。《述怀—调寄满庭芳》词：“漂泊形骸，颠狂纵迹，状同不系之舟。逍遥终日，食饱恣遨游。任使高官重禄，金鱼袋，肥马轻裘。……深知我，南柯梦断，心上别无求。”说明了他不为名利所动，专心济人利物的思想。在“憨物诗”中写道：“天苍苍兮临下上，胡为不救万灵苦。万灵日夜相凌迟，饮气吞声死无语。仰天大叫天不应，一物细琐徒劳形……”又诗云：“呈天生万象，万类属皇天，何事纵凌虐，不救生命全。阴阳成造化，生灭递浮现。最苦有情物，难当无善心”。他在“秦川吟”中写道：“十年苦志忘高卧，万里甘心作远游”。这些诗句都是他面对当时的社会，目睹生灵涂炭而发出的叹息和疾呼声。抒发了他悲天悯人，甘愿为人民而奔走的情怀。
　　另外一些史料中也可以看到一些有关丘处机平生热心济世及其弟子传其道的思想言行记载。如弟子《尹清和语录》云：“丹阳师父全行无为古道也。至长春师父，惟教人积功行，存无为而行有为，是执古是谓道纪，无施不可。师父尝云：‘俺今日些小道气，非是无为静坐上得。是以大起尘劳作福上，圣贤付与得道之人皆是功行到，圣贤自然与之……’”这段记载说明长春真人与丹阳真人所处社会环境的不同，在修养上所走的路子也不同。说明了他只是在积功行，存无为而行有为的力行思想。元商挺《大都清逸观碑记》说：“长春丘公应骋南还，至盖里泊，夜宣教语，谓众人说：‘今大兵之后，人民涂炭，居无室，行无食者皆是也。立观度人，时不失。此修行之先务，人当铭诸心’。既居燕，上庶之托迹，道侣之来归坂者，不窗千数”。丘处机在当时乱世中，无处不以“救世为先务”作其行动的指南。正如《古今图书集成·跋长春真人手帖》所言：“虽寄身老子法中，而心实欲匡济斯民，穷则独善其身，达则兼善天下”开辟了救世济民的有利条件，开创道教“十方丛林”体制。元王鄂《大宗师典常真人道行碑》说：“时河南新附，士大夫之流离于燕者，往往窜名名籍；公（李志常）委曲招延，饭于斋堂者日数千人，或厌其烦，公不恤也，其待之诚，类如此”。这一类觉世救人的史料尚多，元戈彀《清和妙道广化真人尹宗师碑》、徒单公《履冲和真人潘公神道碑》等均有类似的记载。

创立全真教
　　王重阳祖师创立全真教，而全真教的崛起，又是与丘处机的济世之奇功不可分的。当时人民信仰全真之事，随处可见，其推行之远，传布之速，足以惊人。《奉圣州永昌观碑记》云：“……全真教兴焉，渊真以明志，德修而道行。翁然从之，实繁有徒，其特达者各潜户多。“一敦纯朴素，有古遗民之遗风焉”。这就道出了全真教于金元之交的盛况。清末陈教友在《长春道教源流》中说，全真教是乱世中积极的宗教，而丘处机更是积极的人物。乾隆曾为北京白云观丘祖殿题联曰：“万古长生不用餐霞求秘诀；一言止杀始知济世有奇功。”真可谓至言之笔。长春真人之所以能为世人而立奇功，取得前哲后贤之佳誉，是他以“救世济民”思想为行动指南的结果。
　　丘处机在《长春祖师语录》中指出：“生灭者形也，无生灭者性也，神也。有形皆坏，天地亦属幻躯，元会尽而示终。只有一点阳光，超出劫数之外，在身中为性海，即元海也。”全真道把成仙证真的根据建立在人心所具有的“真性”上，超出生死或长生成仙之道，唯在自心中体认真性。“按全真道的观点，自心真性本来无欠无余，只因被邪念遮蔽迷乱而不自觉，只要在心地上下功夫，于一念不生处体证真性，便可于一念间顿悟，乃至超出生死”。全真道的这种唯重修心见性以期超出生死的修炼路线，已十分接近佛教之道。修心见性的具体做法是什么呢？
　　丘处机在《北游语录》中指出：“但心定，行住坐卧皆是行道。如心定，有为也是，无为也是；心不定，处有为也不是，无为也不是。”也就是说，首先要心定，从而清除妄念，磨尽爱欲、除去旧习。故丘氏在《舍本逐末》诗中云：“一念无生即自由。”又如其《月中仙·山居》云：“天生耿介，爱一身孤僻，逍遥云壑。利名千种事，我心上、何曾挂着。”他的《无俗念·性通》上片很好地表现出这一点：“法轮初转，慧风生、陡觉清凉无极。皓色凝空嘉气会，豁荡尘烦胸臆。五贼奔亡，三尺逃循，表里无踪迹。神思安泰，湛然不动戈戟。”又如：“放四大，优游无所为。向碧岩古洞，完全性命，临风对月，笑傲希夷。一曲玄歌，千钟美酒，日月循环不老伊。”故况周颐曰：“丘长春磻溪词，十九作道家语，亦有精警清切之语。”其《无俗念·灵虚宫梨花词》最为后人所欣赏：“春游浩荡，是年年、寒食梨花时节。白锦无纹香烂漫，玉树琼葩堆雪。静夜沉沉，浮光霭霭，冷浸溶溶月。人间天上，烂银霞照通彻。浑似姑射真人，天姿灵秀，意气舒高洁。万化参差谁信道，不与群芳同列。浩气清英，仙材卓荦，下土难分别。瑶台归去，洞天方看清绝。”
　　其次是外修功行。王喆去世后，七大弟子分至各地传教，但他们对王喆的宗教思想的理解各有不同，丘处机在继承王喆思想的基础上，创立了龙门派内外双修的基本原则。与王喆的其他弟子相比，丘氏所开创的龙门派更注重吸收儒家思想，显示出儒家所具有的入世倾向。
　　著名学者钱穆曾论述丘处机之学与马钰之学的差异，他在《中国学术思想史论丛（六）》中认为：“丹阳（马钰）之学似多参佛理，独善之意为多。长春之学似多儒术，兼善之意尤切。而两人之学皆出重阳，盖重阳宗老子而兼通儒释，而丹阳、长春则学焉而各得其性之所近。”钱先生所论极是。丘处机在论述修心见性时，主张从积累功行开始。如前所述，全真道认为自心真性本来无欠无余，只因被妄念遮蔽迷乱而不能自觉。虽然制服妄念可以真接从炼心方面入手，炼尽妄念，仅存正念，久而久之正念亦除，达到于一念不生处体证真性，直到超出生死。但丘氏根据自己的修行体会，感到仅仅单纯地以心制念，难度很大，也应该在尘世中锤炼，同时在这种锤炼中积累功行，直到功行圆满，道心自成。
　　《北游语录》中转引丘处机的话说：“俺学者，下志把握心情，自内观其心至寂无所寂地面，前后百回，虽鬼神至灵不能窥测，忽一念横起，自不可遏，用尽智力，终无可奈何，此无它，只是少阙功行也。”所以，丘氏开创的龙门派一方面重视修心见性，另一方面也重视外修功行。丘氏提倡的内外结合实际上就是儒道结合，内道外儒，这也是王重阳三教合一宗教思想的一种体现。任继愈先生认为它已成为儒教的一个支派：“应当指出，金元时期的全真教把出家修仙与世俗的忠孝仁义相为表里，把道教社会化，实际上是儒教的一个支派。”
　　丘氏的外修功行主要表现在为民做实事上，最著名的是他不顾年老体衰，万里西游，劝成吉思汗戒杀这一壮举。《磻溪集》收录了他在出发前写的《复寄燕京道友》，诗云：“十年兵火万民愁，千万中无一二留。去岁幸逢慈诏下，今春须合冒寒游。不辞岭北三千里，仍念山东二百州。穷急漏诛残喘在，早教身命得消忧。”其爱民之心溢于言表。实事上，他也得到了人民的爱戴、关心，如其《满庭芳·述怀》云：“逐疃巡村过处、儿童尽、呼饭相留。”《无漏子·乐道》亦云：“昏告宿，馁求食，坊村没阻颜。”
　　第三，积极进行斋醮活动。虽然金元全真道继承的是钟吕内丹派，以个人修炼成仙为其宗旨，但是也继承传统的修炼方法，进行斋醮炼度。另一方面，个人修炼的影响毕竟有限，为了全真道的发展，故从马钰开始，在传教的方式上逐渐兴起了斋醮之风，通过祷雨祈晴等活动，以便吸引更多的信徒。刘处玄、王处一的斋醮之事较为频繁，丘处机的斋醮活动就更多了。
　　全真道士所进行的内修心性、外修功行的修炼，是以极端的僧侣禁欲主义为基础的，是苦修。他们从开始起，就仿印度佛教初期之制，建立了出家制度，倡修苦行，不准有妻室，该制度是与其成仙证真的信仰和内丹修炼的要求相适的。全真道还吸取了爱染缘起之说，把传统道教的节欲思想发展到极端，宣称家庭、亲情的虚妄。他们把家庭看成“牢狱”、“火宅”，称父子夫妻亲情为“金枷玉锁”，宣扬人的七情六欲是成仙证真的大障，要人把七情六欲都消散。丘处机身体力行，“入磻溪穴居，日乞一食，行则一蓑，虽簟瓢不置也。……昼夜不寐者六年。既而隐陇州七年，如在磻溪时。”丘氏在磻溪六年，昼夜不眠，这是最使人惊叹之处。
　　丘处机倡导内丹心性说理论和三教合一思想，有别于传统道教多为“飞升炼丹之术，祭醮禳禁之科”，不重视文化修养的风习，力主文以载道、文道并重，在理论上有所建树，以便更好地宣传本门教义。他原先文化水平不高，自入道门以后即刻苦自学，不仅精通道教经典，而且对儒佛二家经典也多有研究。元代人陈时可说丘处机“于道经无所不读，儒书梵典亦历历上口，又喜属文赋诗，然未始起蒿，大率以提唱玄要为意，虽不雕镌而自然成文，有《溪》、《鸣道》二集问世”。除了上述两书外，丘处机另一部重要著作是《大丹直指》。该书系统地介绍了全真教内丹修炼法之奥秘，理论博大精深，被后人誉为“文简而理直，实修真之捷径，入道之梯楷”，是中国道教经典著作之一。