宋琬自幼聪敏好学，才华出众，应试县、府、道皆名列榜首。1635年，以高材充拔贡入京深造，与父宋应亨、兄宋璜，名噪京华。清顺治三年（1646）乡试亚魁，翌年中进士，授户部河南司主事。后升调吏部稽勋司主事。其廉洁奉公，办事精明。顺治七年（1650）遭逆仆构陷入狱，顺治八年（1651）夏日出狱。出狱后官复原职。顺治十一年（1654）出任陇西右道佥事。到任不久，秦州发生地震，数万百姓无家可归。宋琬一面组织群众重建家园，一面采取措施赈济百姓。因国库空虚，便“出家财，自莱阳邮至以恤其灾”。因其救灾有功，清廷“钦赐蟒服加一级，优升永平副使，管军饷”。

　　顺治十七年（1660），宋琬调任左参政之职，兼分守绍兴。次年春，族子宋奕炳诬告他与义军首领于七通谋，被下诏入狱。全家被抄，其家人也被押送京入狱。两年后，清廷认为“穷治无迹，证虚不当坐”，将其释放。此时宋琬已无家可归，只好漂泊江南，寄人篱下，过着颠沛流离的生活。

　　康熙十一年（1672），宋琬“投牒自讼，冤始尽白”，冤情得以昭雪，再次被清廷启用，授四川按察使。任内兴利除弊，将豪强所占的城中空地和郊外荒田分给难民耕种，使他们得以安居乐业。并改革当地陈规陋习，深受百姓爱戴。翌年，宋琬进京述职，适逢吴三桂兵变，他忧愤成疾，病死京都，时年59岁。